基本信息
杨运桂  男  博导  中国科学院北京基因组研究所
电子邮件: ygyang@big.ac.cn
通信地址: 北京市朝阳区北辰西路1号104楼
邮政编码: 100101

研究领域

RNA表观遗传学特征、调控和功能。研发RNA化学修饰高通量测序和分析技术,系统研究RNA甲基化及其修饰酶,阐明其功能及遗传性状(表型)和组织器官再生机制,揭示其与疾病关联及干预​。


招生信息

生化、分子、细胞、基因组学、生物信息学、计算等


招生专业
071010-生物化学与分子生物学
071022-基因组学
071021-生物信息学
招生方向
RNA甲基化表观转录调控
疾病基因组学网络
网络计算

教育背景

1995-07--2000-07   中科院上海药物所及上海生物工程研究中心   博士
1991-09--1995-09   复旦大学   学士

教授课程

分子遗传学和表观遗传学
健康数据与基因组技术
生物化学与分子生物学实验
入学教育与交流
表观遗传学
染色体结构与基因组稳定性
英文生物论文写作
干细胞研究进展系列讲座
基因组科学与信息

出版信息

   
发表论文
(1) METTL3-mediated N6-methyladenosine mRNA modification enhances long-term memory consolidation, Cell Research, 2018, 通讯作者
(2) A novel m6A reader Prrc2a controls oligodendroglial specification and myelination, Cell Research, 2018, 通讯作者
(3) Mettl3-mediated m6A modification is required for cerebellar development, PLoS Biology, 2018, 通讯作者
(4) Circulating Tumor DNA-hydroxymethylcytosine as novel diagnostic biomarkers for esophageal cancer, Cell Research, 2018, 通讯作者
(5) Dynamic transcriptomic m6A decoration: writers, erasers, readers and functions in RNA metabolism, Cell Research, 2018, 通讯作者
(6) m6A Modulates Haematopoietic Stem and Progenitor Cell Specification., Nature, 2017, 通讯作者
(7) Mettl3-mediated m6A Regulates Spermatogonial Differentiation and Meiosis Initiation., Cell Research, 2017, 通讯作者
(8) Cytoplasmic m6A reader YTHDF3 promotes mRNA translation, Cell Research, 2017, 通讯作者
(9) 5-methylcytosine promotes mRNA export, Cell Research, 2017, 通讯作者
(10) Nuclear m6A reader YTHDC1 regulates mRNA splicing, Molecular Cell, 2016, 通讯作者
(11) m6A: Signaling for mRNA Splicing, RNA Biology, 2016, 通讯作者
(12) Endogenous DNA Damage and Repair Enzymes, Genomics, Proteomics & Bioinformatics, 2015, 通讯作者
(13) Base-Excision Repair and Beyond, SCIENCE CHINA Life Sciences, 2015, 通讯作者
(14) RNA-directed repair of DNA double-strand breaks, DNA Repair, 2015, 通讯作者
(15) Smg6/Est1 licenses embryonic stem cell differentiation via nonsense‐mediated mRNA decay, EMBO J, 2015, 第 4 作者
(16) m6A RNA methylation is regulated by microRNAs and promotes reprogramming to pluripotency, Cell Stem Cell, 2015, 通讯作者
(17) Dynamic m6A modification and its emerging regulatory role in mRNA splicing, Science Bulletin, 2015, 通讯作者
(18) Ago2 facilitates Rad51 recruitment and DNA double-strand break repair by homologous recombination, Cell Research, 2014, 通讯作者
(19) Trrap-Dependent Histone Acetylation Specifically Regulates Cell-Cycle Gene Transcription to Control Neural Progenitor Fate Decisions, Cell Stem Cell, 2014, 第 4 作者
(20) FTO and obesity: mechanisms of association, Current Diabetes Reports , 2014, 通讯作者
(21) Mammalian WTAP is a regulatory subunit of the RNA N6-methyladenosine methyltransferase, Cell Research, 2014, 通讯作者
(22) Redox-active quinones induce genome wide DNA methylation changes by an iron mediated and Tet-dependent, Nucleic Acids Research, 2014, 通讯作者
(23) Whole exome sequencing reveals potentially collaborative mutations of multiple FA genes in Fanconi Anemia patients., BMC Medical Genomics, 2014, 第 4 作者
(24) FTO-dependent demethylation of N6-methyladenosine regulates mRNA splicing and is required for adipogenesis, Cell Research, 2014, 通讯作者
(25) Ascorbic acid enhances Tet-mediated 5-methylcytosine oxidation and promotes DNA demethylation in mammals, Journal of the American Chemical Society, 2013, 第 4 作者
(26) Regulation of centriolar satellites by stress-induced disassembly and ubiquitylation, EMBO J, 2013, 第 4 作者
(27) ALKBH5 is a Mammalian RNA Demethylase that Impacts RNA Metabolism and Mouse Fertility, Molecular Cell, 2013, 通讯作者
(28) ALKBH4-dependent demethylation of actin regulates actomyosin dynamics., Nature Communications, 2013, 通讯作者
(29) N6-methyl-adenosine (m6A) in RNA: An Old Modification with A Novel Epigenetic Function., Genomics Proteomics Bioinformatics, 2013, 通讯作者
(30) A Novel Role of Human Holliday Junction Resolvase GEN1 in the Maintenance of Centrosome Integrity., PLoS ONE, 2013, 通讯作者
(31) Sprouts of RNA epigenetics: the discovery of mammalian RNA demethylases, RNA Biology, 2013, 第 4 作者
(32) Whole Genome-wide Loss of 5-hmC is a Novel Epigenetic Feature of Huntington’s Disease, Hum Mol Genet, 2013, 第 4 作者
(33) A Role for Small RNAs in DNA Double-Strand Break Repair, Cell, 2012, 第 4 作者
(34) A distinct response to endogenous DNA damage in the development of Nbs1-deficient cortical neurons. , Cell Research, 2012, 第 2 作者
(35) N6-Methyladenosine in Nuclear RNA is the Main Substrate of the Obesity-Associated FTO Protein., Nature Chemical Biology, 2011, 第 4 作者
发表著作
   

指导学生

已指导学生

黄春敏  硕士研究生  071010-生物化学与分子生物学  

徐倩  硕士研究生  071010-生物化学与分子生物学  

周东平  硕士研究生  071022-基因组学  

王文岭  硕士研究生  071022-基因组学  

高敏  博士研究生  071022-基因组学  

廖友琦  硕士研究生  071010-生物化学与分子生物学  

李明明  博士研究生  071010-生物化学与分子生物学  

赵旭  博士研究生  071010-生物化学与分子生物学  

金康宣  硕士研究生  071022-基因组学  

杨莹  博士研究生  071022-基因组学  

史悦  博士研究生  071022-基因组学  

吕英  硕士研究生  071010-生物化学与分子生物学  

肖文  博士研究生  071010-生物化学与分子生物学  

平晓丽  博士研究生  071010-生物化学与分子生物学  

李苗苗  硕士研究生  071010-生物化学与分子生物学  

马海丽  硕士研究生  071010-生物化学与分子生物学  

郝亚娟  博士研究生  071010-生物化学与分子生物学  

王文佳  硕士研究生  071010-生物化学与分子生物学  

祝芹  硕士研究生  071010-生物化学与分子生物学  

杨鑫  博士研究生  0710Z1-基因组学  

孙慧颖  硕士研究生  0710Z1-基因组学  

王兴  硕士研究生  071010-生物化学与分子生物学  

于佳丽  硕士研究生  071010-生物化学与分子生物学  

闫克强  硕士研究生  071010-生物化学与分子生物学  

韩亚男  硕士研究生  0710J3-生物信息学  

现指导学生

陈宇晟  博士研究生  071010-生物化学与分子生物学  

李昂  博士研究生  071010-生物化学与分子生物学  

时博阳  博士研究生  071010-生物化学与分子生物学  

张益畅  硕士研究生  0710J3-生物信息学  

鞠林芳  硕士研究生  071010-生物化学与分子生物学  

葛新阳  硕士研究生  071010-生物化学与分子生物学  

韩悦  博士研究生  0710Z1-基因组学  

张清杨  博士研究生  071010-生物化学与分子生物学  

李若琳  硕士研究生  071010-生物化学与分子生物学  

周佳熠  博士研究生  0710Z1-基因组学  

梁承志  硕士研究生  071010-生物化学与分子生物学  

姚欢  博士研究生  0710Z1-基因组学  

刘倩兰  博士研究生  0710Z1-基因组学  

杨文兰  博士研究生  071010-生物化学与分子生物学  

陈静  硕士研究生  085238-生物工程  

工作经历

2008-11--至今 中科院北京基因组研究所 “百人计划” 研究员

2005-11--2008-11 英国癌症研究署,博士后,导师:Tomas Lindhal教授/英国皇家科学院院士、2015诺贝尔化学奖得主

2000-09--2005-11 法国世界卫生组织国际癌症研究署,博士后/Staff Scientist,导师:汪兆琦教授/欧洲科学院院士

承担科研项目情况

1、中以NSFC-ISF合作研究项目,解析神经发育疾病基因MeCP2和LIS1相互作用的分子机制,3161101005,2017/01-2019/12,在研,主持;

2、国家“杰出青年”科学基金,基因表达调控与表观遗传学,31625016,2017/01-2022/12,在研,主持;

3、国家重点研发计划精准医学研究重点专项,表观基因组学检测技术研发与临床应用,2016YFC0900300,2016/07-2018/12,在研,主持;

4、国家自然科学基金重点项目,RNA m6A修饰甲基转移酶复合物及其表观调控因子鉴定和作用机制研究,2015/01-2019/12,在研,主持;

5、国家自然科学基金面上项目,RNA表观遗传新机制调控DNA双链断裂修复分子机理研究,2014/01-2017/12,在研,主持;

6、国家自然科学基金重大研究计划(集成项目),DNA与RNA甲基化表观修饰对单倍体干细胞多能性与发育能力影响的机制研究,2014/01-2018/12,在研,参加;

7、科技部 973,中国人前列腺癌的表观遗传特征及调控机制,2012/01-2016/09,已结题,骨干;

8、科技部 973,组蛋白甲基化对肺癌发生发展的作用及其机制,2011/01-2015/12,已结题,主持;

9、国家自然科学基金面上项目,ALKBH4加双氧酶介导的细胞分裂重要功能因子去甲基化机制研究,2011/01-2013/12,已结题,主持;

10、国家自然科学基金面上项目,DNA损伤检验点和DNA双链断裂修复途径的相互协调维持基因组稳定性的分子机理的研究,2009/01-2011/12,已结题,主持;

11、中科院“百人计划”人才项目,科研启动经费,2008/11-2013/12,已结题,主持。

获奖及荣誉


2012 获中国科学院大学-BHPB 导师科研奖

2013 获中国科学院青年科学家国际合作奖

2013 获中国科学院朱李月华优秀教师奖

2014 中国科学院“百人计划”终期评估优秀获得者

2015中国科学院特聘研究员

2016国家“杰出青年”科学基金获得者

2016 科技部创新人才推进计划-中青年科技创新领军人才

2017中组部国家“万人计划”科技创新领军人才

2017 Sanofi-Cell Research优秀研究文章奖

2017年度中国生命科学领域十大进展

2018中国科学院优秀导师奖

2018第三届中国科协优秀科技论文





项目组情况

课题组于2008年11月成立,系统研究表观转录组调控与RNA甲基化功能机理,在拓展RNA甲基化表观转录组调控的前沿新领域合作研究中,取得了系列原创性发现,包括鉴定人源RNA m6A的修饰甲基转移酶复合物 METTL3/METTL14/WTAPm6A去甲基化酶ALKBH5/FTO Nat Chem Biol, 2011; Mol Cell, 2013; Cell Res, 2014a),揭示非编码miRNA介导的m6A甲基化位点形成的选择性机制(Cell Stem Cell,2015)及其m6A修饰的外显子被保留现象(Cell Res, 2014b)等。发现了m6A的识别因子(readerYTHDC1的的两个互作蛋白是mRNA剪接因子SRSF3SRSF10 Mol Cell2016RNA Biol, 2016)。揭示m5C调控mRNA出核的重要功能以及YTHDF3YTHDF1在翻译过程中的协同调控作用机制(Cell Res, 2017a, 2017b);,发现m6A通过YTHDF2介导notch1a mRNA的稳定性,维持内皮和造血细胞基因表达平衡,进而调控造血干细胞的命运决定(Nature, 2017;被评为2017中国生命科学十大研究进展);阐明了m6A调控脑发育和记忆作用机制(PLos Biol, 2018; Cell Res, 2018a,b)。对m6A的甲基转移酶、结合蛋白和去甲基化酶的生物学功能,及m6A在可变剪接等RNA代谢过程的调控作用进行了系统综述(Cell Res, 2018c)。