结构生物信息学和整合系统生物学：
通过对重要工业酶的序列－结构－功能关系的结构生物学和生物信息学的系统研究以及借助系统生物学技术在微生物细胞网络层次上整合各种组学（基因组学、蛋白质组学、代谢组学等）数据资源，构建准确的生物信息学模型，通过‘干法’和‘湿法’的有效结合，深入阐明重要工业酶的生化特性及其催化作用机理，从而提出分子改造的理性策略以改善工业酶活性和功能属性，为采用现代分子生物学技术创造出性能更优良、应用范围更广的新型工业酶奠定基础。

   

071010-生物化学与分子生物学
071021-生物信息学
081703-生物化工

生物信息学
系统生物学
生物工程

2000-09--2005-07 江南大学（原无锡轻工大学） 工学博士（生物信息学方向）
1996-09--2000-07 无锡轻工大学 工学学士

-- 研究生

-- 博士

   

2010-07--今 中科院天津工业生物技术研究所 研究员
2008-07--今 Faculty of Medicine, Monash University, Australia NHMRC Peter Doherty Fellow
2007-09--2009-09 Bioinformatics Center, Kyoto University, Japan JSPS Research Fellow
2005-07--2007-09 ACMC, The University of Queensland, Australia Postdoctoral Research Fellow

   

（1） 日本文部省学术振兴会JSPS外国人特别研究员奖（短期），国家级，2011
（2） 中国科学院****，院级级，2010
（3） 澳大利亚NHMRC生物医学Peter Doherty研究员计划，国家级，2008
（4） 日本文部省学术振兴会JSPS外国人特别研究员奖（长期），国家级，2007
（5） 全国优秀博士学位论文提名奖，国家级，2007
（6） 江苏省优秀博士学位论文，省级，2006
（7） 江南大学优秀毕业生，一等奖，研究所（学校）级，2005
（8） 江苏省研究生创新计划，省级，2004
（9） 全国大学生英语竞赛一等奖，一等奖，国家级，2000
（10） 江南大学生物工程学院本科生最高荣誉奖朱宝镛奖，特等奖，研究所（学校）级，2000

   

（1） Efficient large-scale protein sequence comparison and gene matching to identify orthologs and co-orthologs，Nucleic Acids Research，2012，第3作者
（2） TANGLE: two-level support vector regression approach for protein backbone torsion angle prediction from primary sequences，PLoS ONE，2012，第1作者
（3） PredCSF: an integrated feature-based approach for predicting conotoxin superfamily，Protein Peptide Letters，2011，第2作者
（4） Prediction of signaling peptides using conditional random field approach from primary sequences，Protein Peptide Letters，2011，第2作者
（5） Predicting residue-residue contacts and helix-helix interactions in transmembrane proteins using an integrative feature-based random forest approach，PLoS ONE，2011，通讯作者
（6） Bioinformatic approaches for predicting substrates of proteases，Journal of Bioinformatics and Computational Biology，2011，第1作者
（7） Conditional random field approach to prediction of protein-protein interactions using domain information，BMC Systems Biology，2011，第3作者
（8） Predicting serpin/protease interactions，Methods in Enzymology，2011，第1作者
（9） Improving the accuracy of predicting disulfide connectivity by feature selection，Journal of Computational Chemistry，2010，第3作者
（10） Cascleave: towards more accurate prediction of caspase substrate cleavage sites，Bioinformatics，2010，第1作者
（11） Prediction of protein folding rates from structural topology and complex network properties，IPSJ Transactions on Bioinformatics，2010，第1作者
（12） EGM: Encapsulated gene-by-gene matching to identify gene orthologs and homologous segments in genomes，Bioinformatics，2010，第3作者
（13） APIS: accurate prediction of hot spots in protein interfaces by combining protrusion index with solvent accessibility，BMC Bioinformatics，2010，第3作者
（14） Prodepth: predict residue depth by support vector regression approach from sequences only，PLoS ONE，2009，第1作者
（15） Prediction of protein folding rates from primary sequence by fusing multiple sequential features，Journal of Biomedical Science and Engineering，2009，第2作者
（16） HSEpred: predict half-sphere exposure from protein sequences，Bioinformatics，2008，第1作者
（17） Predicting disulfide connectivity from protein sequence using multiple sequence feature vectors and secondary structure，Bioinformatics，2007，第1作者
（18） Predicting residue-wise contact orders in proteins by support vector regression，BMC Bioinformatics，2006，第1作者
（19） Prediction of cis/trans isomerization in proteins using PSI-BLAST profiles and secondary structure information，BMC Bioinformatics，2006，第1作者
（20） Exploring synonymous codon usage preferences of disulfide bonded and non-disulfide bonded cysteines in the E.coli Genome，Journal of Theoretical Biology，2006，第1作者

   

（1） 工业酶分子改造和新型蛋白质表达系统构建，主持，院级级，2011-02--2013-01
（2） 基于序列的蛋白酶底物特异性预测的生物信息学技术，主持，院级级，2010-05--2013-04

现指导学生

郑程  硕士研究生  430139-生物工程  

李元  硕士研究生  071010-生物化学与分子生物学