总体上，我们研究有益微生物在养殖环境以及宿主健康中的作用。主要以草鱼为模式动物，研究肠道菌群间以及菌群与宿主间相互作用机制。

具体研究工作包括以下几个方面：

1，消化道微生物与鱼类宿主之间的相互关系；

1）消化道微生物调节宿主肠道免疫应答的机制；

2）养殖生态系统微生物群落特征与养殖动物疾病发生的关系；

3）微生物在宿主营养代谢中的作用；

2，有益微生物调控养殖环境健康的机理；

071004-水生生物学
090801-水产养殖

微生物学
鱼病学

2013-08--2014-01   康奈尔大学   访问学者
2002-09--2007-06   中国科学院水生生物研究所   博士/研究生学历

博士研究生

博士

   

2022-12~现在, 中国科学院水生生物研究所, 研究员
2011-01~2022-12,中国科学院水生生物研究所, 副研究员
2007-07~2010-12,中国科学院水生生物研究所, 助理研究员

   

（ 1 ） 一种鲩肠袋虫的体外培养方法及使用的培养基的制备方法, 专利授权, 2020, 第 4 作者, 专利号: CN108633843B

（ 2 ） 一种提高蝇蛆抗菌肽抑菌效果的方法及蝇蛆在调控水生动物肠道健康方面的应用, 发明专利, 2019, 第 1 作者, 专利号: CN110226568A

（ 3 ） 迟缓爱德华氏菌的检测试剂盒及其应用, 专利授权, 2019, 第 5 作者, 专利号: CN105925683B

（ 4 ） 肠道寄生原生动物扫描电镜样品的快速制备设备及方法, 发明专利, 2018, 第 6 作者, 专利号: CN108287172A

（ 5 ） 一种纤维素酶生产菌及其应用, 发明专利, 2018, 第 3 作者, 专利号: CN105039195B

（ 6 ） 肠道寄生原生动物扫描电镜样品的快速制备设备, 实用新型, 2018, 第 6 作者, 专利号: CN208000282U

（ 7 ） 一种柱状黄杆菌的检测试剂盒及检测方法, 发明专利, 2018, 第 5 作者, 专利号: CN105063228B

（ 8 ） 一种嗜水气单胞菌的检测试剂盒及其检测方法, 发明专利, 2017, 第 6 作者, 专利号: CN106399512A

（ 9 ） 一种锦鲤疱疹病毒Ⅲ型的检测试剂盒及其检测方法, 发明专利, 2017, 第 5 作者, 专利号: CN106350608A

（ 10 ） 一种三代虫纯种人工感染系统的建立方法, 发明专利, 2015, 第 7 作者, 专利号: CN104521828A

（ 11 ） 一种草鱼鳃部寄生鳃片指环虫的特异性扩增引物对及其应用, 发明专利, 2014, 第 5 作者, 专利号: CN103898217A

   

（1） Distribution and influencing factors of antibiotic resistance genes of crayfish (Procambarus clarkii) intestine in main crayfish breeding provinces in China, SCIENCE OF THE TOTAL ENVIRONMENT, 2023, 通讯作者
（2） The Role of Intestinal Microbiota in Regulating the Metabolism of Bile Acids Is Conserved Across Vertebrates, FRONTIERS IN MICROBIOLOGY, 2022, 通讯作者
（3） Identification of Intracellular Bacteria in the Ciliate Balantidium ctenopharyngodoni (Ciliophora, Litostomatea), JOURNAL OF EUKARYOTIC MICROBIOLOGY, 2020, 第 5 作者
（4） 副地衣芽孢杆菌FA6全基因组测序及比较基因组学分析, WHOLE GENOME SEQUENCING AND COMPARATIVE ANALYSIS OF BACILLUS PARALICHENIFORMIS FA6 STRAIN, 水生生物学报, 2020, 第 2 作者
（5） Gut microbiota modulation and immunity response induced by Citrobacter freundii strain GC01 in grass carp (Ctenopharyngodon idellus), AQUACULTURE, 2020, 通讯作者
（6） Growth performance, immunity and intestinal microbiota of swamp eel (Monopterus albus) fed a diet supplemented with house fly larvae (Musca domestica), AQUACULTURE NUTRITION, 2020, 通讯作者
（7） Adhesion and colonization properties of potentially probiotic Bacillus paralicheniformis strain FA6 isolated from grass carp intestine, FISHERIES SCIENCE, 2020, 通讯作者
（8） Effects of Bacillus licheniformis on the growth, antioxidant capacity, intestinal barrier and disease resistance of grass carp (Ctenopharyngodon idella), FISH & SHELLFISH IMMUNOLOGY, 2020, 通讯作者
（9） Transcriptome analysis of grass carp provides insights into disease-related genes and novel regulation pattern of bile acid feedback in response to lithocholic acid, AQUACULTURE, 2019, 通讯作者
（10） Gut segments outweigh the diet in shaping the intestinal microbiota composition in grass carp Ctenopharyngodon idellus, AMB EXPRESS, 2019, 通讯作者
（11） 草鱼肠道微生物抗生素抗性基因研究, Antibiotic Resistance Genes in the Intestinal Microorganisms of Grass Carp, 水生态学杂志, 2019, 第 3 作者
（12） Altered gut microbiota associated with intestinal disease in grass carp (Ctenopharyngodon idellus), WORLD JOURNAL OF MICROBIOLOGY & BIOTECHNOLOGY, 2018, 通讯作者
（13） 草鱼肠道黏膜厌氧细菌的分离与鉴定, ISOLATION AND IDENTIFICATION OF ANAEROBES IN THE INTESTINAL MUCOSA OF GRASS CARP CTENOPHARYNGODON IDELLUS, 水生生物学报, 2018, 第 2 作者
（14） Starvation influences the microbiota assembly and expression of immunity-related genes in the intestine of grass carp (Ctenopharyngodon idellus), AQUACULTURE, 2018, 通讯作者
（15） Dietary Bile Salt Types Influence the Composition of Biliary Bile Acids and Gut Microbiota in Grass Carp, FRONTIERS IN MICROBIOLOGY, 2018, 通讯作者
（16） 草鱼肠道酸碱度的研究, HYDROGEN ION CONCENTRATION IN THE DIGESTIVE TRACT OF GRASSCARP (CTENOPHARYNGODON IDELLUS), 水生生物学报, 2017, 第 1 作者
（17） The influence of diet on the grass carp intestinal microbiota and bile acids, AQUACULTURE RESEARCH, 2017, 通讯作者
（18） A review of intestinal microbes in grass carp Ctenopharyngodon idellus (Valenciennes), AQUACULTURE RESEARCH, 2017, 通讯作者
（19） Two biomass preparation methods provide insights into studying microbial communities of intestinal mucosa in grass carp (Ctenopharyngodon idellus), AQUACULTURE RESEARCH, 2017, 第 5 作者
（20） Two biomass preparation methods provide insights into studying microbial communities of intestinal mucosa in grass carp (Ctenopharyngodon idellus), AQUACULTURE RESEARCH, 2017, 第 5 作者
（21） Impacts of diet on hindgut microbiota and short-chain fatty acids in grass carp (Ctenopharyngodon idellus), AQUACULTURE RESEARCH, 2017, 第 2 作者
（22） Succession and Fermentation Products of Grass Carp (Ctenopharyngodon idellus) Hindgut Microbiota in Response to an Extreme Dietary Shift, FRONTIERS IN MICROBIOLOGY, 2017, 通讯作者
（23） 草鱼不同组织胆汁酸组成分析, AN ANALYSIS OF BILE ACID COMPOSITION IN DIFFERENT TISSUES OFGRASS CARP (CTENOPHARYNGODON IDELLUS), 水生生物学报, 2017, 第 5 作者
（24） 草鱼肠道微生物对食物改变适应性变化的研究, Study on the adaptation changes of intestinal microbiota in Ctenopharyngodon idellus fed on different diets, 淡水渔业, 2015, 第 2 作者
（25） Metatranscriptomic discovery of plant biomass-degrading capacity from grass carp intestinal microbiomes, FEMS MICROBIOLOGY ECOLOGY, 2015, 第 1 作者
（26） Characterization of the bacterial community associated with early-developmental stages of grass carp (Ctenopharyngodon idella), AQUACULTURE RESEARCH, 2015, 第 2 作者
（27） 草鱼肠道纤维素降解细菌的分离与鉴定, CHARACTERIZATION OF CELLULOSE-DECOMPOSING BACTERIA IN THE INTESTINE OF GRASS CARP, CTENOPHARYNGODON IDELLA (VAL.), 水生生物学报, 2014, 第 2 作者
（28） Intestinal microbiota of gibel carp (Carassius auratus gibelio) and its origin as revealed by 454 pyrosequencing, WORLD JOURNAL OF MICROBIOLOGY & BIOTECHNOLOGY, 2013, 第 1 作者
（29） 禁食条件下草鱼肠粘膜可培养纤维素降解菌的分离与鉴定, Isolation and identification of major cellulase -producing bacteria in intestines of Ctenopharyngodon idellus under fasting conditions, 淡水渔业, 2013, 第 4 作者
（30） Composition, Diversity, and Origin of the Bacterial Community in Grass Carp Intestine, PLOS ONE, 2012, 通讯作者
（31） Characterization of bacterial community in the stomach of yellow catfish (Pelteobagrus fulvidraco), WORLD JOURNAL OF MICROBIOLOGY & BIOTECHNOLOGY, 2012, 第 1 作者
（32） 水体pH胁迫对异育银鲫皮质醇激素和非特异性免疫的影响, EFFECTS OF pH STRESS ON CORTISOL AND NON-SPECIFIC IMMUNITY OF CARASSIUS AURATUS GIBELIO, 水生生物学报, 2011, 第 5 作者
（33） 主养草鱼池塘底泥微生物群落多样性研究, Microbial diversity in the sediment of a pond mainly stocked with Ctenopharyngodon idellus, 淡水渔业, 2011, 第 2 作者
（34） Microbial diversity of intestinal contents and mucus in yellow catfish (Pelteobagrus fulvidraco), AQUACULTURE, 2010, 第 1 作者

   

（ 1 ） 草鱼肠道微生物群落结构对不同食物的适应性变化机制研究, 负责人, 国家任务, 2013-01--2016-12
（ 2 ） 国家大宗淡水鱼类产业技术体系岗位科学家, 参与, 国家任务, 2011-01--2015-12
（ 3 ） 草鱼消化道纤维素降解的酶学机理研究, 参与, 国家任务, 2014-01--2017-12
（ 4 ） 蝇蛆功能蛋白在黄鳝和中华鳖养殖中的应用, 负责人, 企业委托, 2017-08--2019-06
（ 5 ） 农业部大宗淡水鱼体系专家, 参与, 国家任务, 2017-01--2021-12
（ 6 ） 肠道微生物通过胆汁酸调控草鱼脂肪代谢的研究, 负责人, 国家任务, 2019-01--2022-12
（ 7 ） 脑肠微生物菌群轴对水产动物营养代谢的调控机制, 负责人, 国家任务, 2018-12--2022-12
（ 8 ） 蝇蛆功能蛋白在 水产养殖中的应用, 负责人, 企业委托, 2020-07--2023-06
（ 9 ） 小龙虾重大病害绿色防控关键技术集成与示范, 负责人, 地方任务, 2022-01--2023-12
（ 10 ） 稻田小龙虾肠炎病的发病规律及生态防控技术, 负责人, 国家任务, 2020-10--2022-12
（ 11 ） 农业部大宗淡水鱼体系专家, 参与, 国家任务, 2022-01--2026-12

已指导学生

张晶  硕士研究生  071004-水生生物学  

丰文雯  硕士研究生  085238-生物工程  

赵帝  硕士研究生  071004-水生生物学  

秦路  硕士研究生  085238-生物工程  

向金花  硕士研究生  071004-水生生物学  

范腾霸  硕士研究生  085238-生物工程  

现指导学生

陈思佳  硕士研究生  071004-水生生物学  

昝子叶  硕士研究生  071004-水生生物学  

张昊睿  硕士研究生  071004-水生生物学