极端微生物的遗传机制及合成生物学

    本研究组以极端嗜酸热古菌——硫化叶菌为模式，主要研究其遗传信息的存储与传递系统的高温环境适应性，主要包括染色体的组织包装、DNA复制与修复以及古菌病毒的宿主细胞裂解机制等。 同时，开展硫化叶菌的合成生物学相关研究，主要包括生长调控机制研究及底盘细胞构建等。

   

071010-生物化学与分子生物学
071005-微生物学

极端嗜热古菌遗传机制
极端微生物合成生物学
古菌病毒

2001-09--2006-12   南开大学   博士
1997-09--2001-07   山东大学   学士

   

2010-07~2020-06,中国科学院微生物研究所, 副研究员
2007-03~2010-07,中国科学院微生物研究所, 助理研究员

2022-12-07-今,Biology-Basel专刊编辑, Topical Advisory Panel Member
2020-11-09-今,Frontiers in Microbiology客座副主编, Guest Associate Editor
2019-06-02-今,Frontiers in Microbiology审稿编辑, Review Editor

   

（1） 中科院特聘研究骨干, 研究所（学校）, 2021
（2） Frontiers in Microbiology 杰出编辑奖（Outstanding Editor Award 2021）, 其他, 2021
（3） Thermophiles 2013最佳海报奖, 其他, 2013
（4） Thermophiles 2009最佳海报奖, 其他, 2009

[1] 陈晶瑜, 孟娇, 于波, 张臻峰. 一种可用于合成肌肽的酶及其编码基因. CN: CN110257356B, 2020-12-01.

[2] 刘洋, 张臻峰, 孔繁智, 于波. 一株生产D-对羟基苯甘氨酸的枯草芽孢杆菌. CN: CN111621452A, 2020-09-04.

（1） Lysine Methylation Modulates the Interaction of Archaeal Chromatin Protein Cren7 With DNA, FRONTIERS IN MICROBIOLOGY, 2022, 通讯作者
（2） Essentiality of core hydrophobicity to the structure and function of archaeal chromatin protein Cren7, INTERNATIONAL JOURNAL OF BIOLOGICAL MACROMOLECULES, 2022, 通讯作者
（3） A Novel Family of Winged-Helix Single-Stranded DNA-Binding Proteins from Archaea, International Journal of Molecular Sciences, 2022, 通讯作者
（4） Biochemical and structural characterization of a KTSC family single-stranded DNA-binding protein from Euryarchaea, INTERNATIONAL JOURNAL OF BIOLOGICAL MACROMOLECULES, 2022, 通讯作者
（5） Isolation and Characterization of the First Temperate Virus Infecting Psychrobacillus from Marine Sediments, VIRUSES-BASEL, 2022, 第 4 作者
（6） Isolation and Characterization of the First Temperate Virus Infecting Psychrobacillus from Marine Sediments, VIRUSES, 2022, 第 4 作者
（7） Interaction of the Escherichia coli HU Protein with Various Topological Forms of DNA, BIOMOLECULES, 2021, 第 2 作者
（8） Archaeal Chromatin Proteins Cren7 and Sul7d Compact DNA by Bending and Bridging, MBIO, 2020, 第 1 作者
（9） Inhibition of K-Ras4B-plasma membrane association with a membrane microdomain-targeting peptide, CHEMICAL SCIENCE, 2020, 第 2 作者
（10） 探秘生命的第三种形式--我国古菌研究之回顾与展望, Unraveling the secrets of the third form of life--A review and future perspective on archaeal research in China, 中国科学:生命科学, 2019, 第 7 作者
（11） Architectural roles of Cren7 in folding crenarchaeal chromatin filament, MOLECULAR MICROBIOLOGY, 2019, 第 1 作者
（12） Novel Sulfolobus Virus with an Exceptional Capsid Architecture, JOURNAL OF VIROLOGY, 2018, 第 9 作者
（13） Roles of leu28 side chain intercalation in the interaction between cren7 and dna, BIOCHEMICAL JOURNAL, 2017, 第 1 作者
（14） A novel Sulfolobus virus with an exceptional capsid architecture., J Virol., 2017, 
（15） Sequence-Dependent T:G Base Pair Opening in DNA Double Helix Bound by Cren7, a Chromatin Protein Conserved among Crenarchaea, PLOS ONE, 2016, 第 2 作者
（16） Genome Sequencing of Sulfolobus sp. A20 from Costa Rica and Comparative Analyses of the Putative Pathways of Carbon, Nitrogen, and Sulfur Metabolism in Various Sulfolobus Strains, FRONTIERS IN MICROBIOLOGY, 2016, 第 3 作者
（17） Akmt catalyzes extensive protein lysine methylation in the hyperthermophilic archaeon sulfolobus islandicus but is dispensable for the growth of the organism, MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS, 2016, 第 5 作者
（18） DNA双链区的切割导致碱变性超螺旋质粒pBR322的分子内结节, Cleavage of The Double-strand Region in Alkali-denatured Supercoiled Plasmid pBR322 Leads to DNA Nodes, PROGRESS IN BIOCHEMISTRY AND BIOPHYSICS, 2016, 通讯作者
（19） Cleavage of The Double-strand Region in Alkali-denatured Supercoiled Plasmid pBR322 Leads to DNA Nodes, PROGRESS IN BIOCHEMISTRY AND BIOPHYSICS, 2016, 通讯作者
（20） 大肠杆菌topA^-细胞中tetA-cfaABCE的高效转录促进DNA凝集, DNA Condensation Induced by Transciption of tet A-cfa ABCE in Escherichia coli topA Mutant, 中山大学学报：自然科学版, 2015, 通讯作者
（21） Insights into the interaction between Cren7 and DNA: the role of loop beta 3-beta 4, EXTREMOPHILES, 2015, 第 1 作者
（22） Structural and functional characterization of the C-terminal catalytic domain of SSV1 integrase, ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-BIOLOGICAL CRYSTALLOGRAPHY, 2012, 第 4 作者
（23） Archaeal chromatin proteins, SCIENCE CHINA-LIFE SCIENCES, 2012, 第 1 作者
（24） Identification and Characterization of a Highly Conserved Crenarchaeal Protein Lysine Methyltransferase with Broad Substrate Specificity, JOURNAL OF BACTERIOLOGY, 2012, 第 2 作者
（25） Structural insights into the interaction of the crenarchaeal chromatin protein Cren7 with DNA, MOLECULAR MICROBIOLOGY, 2010, 第 1 作者
（26） 在拓扑异构酶Ⅰ缺失的大肠杆菌中拓扑异构酶Ⅲ参与高负超螺旋的消除（英文）, 南开大学学报(自然科学版), 2009, 第 1 作者
（27） Biochemical and structural characterization of Cren7, a novel chromatin protein conserved among Crenarchaea, NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 2008, 第 3 作者
（28） Visualization of alkali-denatured supercoiled plasmid DNA by atomic force microscopy, BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS, 2008, 第 2 作者
（29） 大肠杆菌topA-菌株中质粒pBR322的超凝集结构, Studies on The Supercondensed pBR322 DNA Isolated From Escherichia coli topA- Mutant, PROGRESS IN BIOCHEMISTRY AND BIOPHYSICS, 2007, 第 1 作者

期刊编委：

审稿编辑，Frontiers in Microbiology (2019-present).

客座副主编，Frontiers in Microbiology (2020-2021).

审稿专家：

Science China Life Sciences、Environmental Microbiology、Frontiers in Microbiology、Journal of Genetics and Genomics、Biophysical Journal、Archives of Virology、Bioscience Reports、微生物学报、生物工程学报、中国生物化学与分子生物学报、微生物学通报、应用与环境生物学报、中山大学学报（自然科学版）。

（ 1 ） 古菌真核类型引发酶的亚基性质与功能演化的研究, 参与, 国家任务, 2018-01--2022-12
（ 2 ） 硫化叶菌染色质蛋白Cren7与Sul7d组织包装DNA的分子机制, 负责人, 国家任务, 2013-01--2016-12
（ 3 ） 硫化叶菌中Cren7蛋白在染色体组织中的作用, 负责人, 国家任务, 2010-01--2012-12
（ 4 ） 极端嗜热古菌小分子核酸结合蛋白的研究, 参与, 国家任务, 2012-01--2016-12
（ 5 ） 古菌引物合成与延伸的偶联机制及调控规律, 参与, 国家任务, 2008-01--2012-12
（ 6 ） 极端微生物底盘细胞的设计与构建（课题2：耐热、耐酸微生物底盘细胞的设计构建与表征-子课题）, 负责人, 国家任务, 2020-07--2025-06
（ 7 ） 极端环境古菌病毒裂解宿主细胞的机制及其系统发育学和生态学分布, 负责人, 国家任务, 2021-01--2023-12
（ 8 ） 基于染色质蛋白Cren7的古菌染色体DNA组织包装机制, 负责人, 国家任务, 2022-01--2025-12

（1）Organization of Crenarchaeal Chromosomal DNA by Cren7 and Sso7d: DNA Bending and Bridging   15th International Congress on Thermophiles   2019-09-02
（2）Chromosomal DNA Organization in Sulfolobus: Roles of Cren7 and Sul7d   11th International Congress on Extremophiles   2016-09-12
（3）泉古菌染色质蛋白Cren7组织包装DNA的分子机制   2015年中国微生物学会学术年会   2015-10-23
（4）Structural analysis of DNA binding by Cren7 monomers adjacently located on the DNA   12th International Conference on Thermophiles   2013-09-08
（5）Crenarchaeal chromatin protein – Cren7   Sino-Danish archaea biology and biotechnology symposium   2011-09-22
（6）Insights into the interaction between Cren7 from Sulfolobus slfataricus with dsDNA: the role of Lβ3β4   10th International Conference on Thermophiles Research   2009-09-08

已指导学生

丁念念  硕士研究生  071010-生物化学与分子生物学  

现指导学生

范云轩  硕士研究生  086000-生物与医药