微生物组学

生物信息学

   

071007-遗传学

生物信息学
环境基因组学
微生物组学与人体健康

2007-09--2010-07   中国科学院海洋研究所   博士
2004-09--2007-07   南京师范大学   硕士
2000-09--2004-07   沈阳师范大学   学士

研究生

博士

   

2016-01~现在, 中国科学院北京生命科学研究院, 副研究员
2011-01~2016-01,中国科学院北京生命科学研究院, 助理研究员

   

   

（1） Metatranscriptomic analysis of an in vitro biofilm model reveals strain-specific interactions among multiple bacterial species, Journal of Oral Microbiology, 2019, 通讯作者
（2） Genetic basis for the establishment of endosymbiosis in Paramecium, The ISME Journal, 2019, 第 2 作者
（3） Dysbiosis of maternal and neonatal microbiota associated with gestational diabetes mellitus, Gut, 2018, 第 1 作者
（4） MetaSort untangles metagenome assembly by reducing microbial community complexity, Nature Communications, 2017, 第 3 作者
（5） Population-Genomic insights into variation in Prevotella intermedia and Prevotella nigrescens isolates and its sssociation with periodontal disease, Frontiers in Cellular and Infection Microbiology, 2017, 通讯作者
（6） Phage-bacteria interaction network in human oral microbiome, Environmental Microbiology, 2016, 第 1 作者
（7） Comprehensive identification of internal structure and alternative splicing events in circular RNAs, Nature Communications, 2016, 第 2 作者
（8） RiboFR-Seq: a novel approach to linking 16S rRNA amplicon profiles to metagenomes, Nucleic Acids Research, 2016, 第 3 作者
（9） Convergent evolution of rumen microbiomes in high-altitude mammals, Current Biology, 2016, 第 5 作者
（10） CRISPRs provide broad and robust protection to oral microbial flora of gingival health against bacteriophage challenge, Protein & Cell, 2015, 通讯作者
（11） CIRI: an efficient and unbiased algorithm for de novo circular RNA identification, Genome Biology, 2015, 第 2 作者
（12） Metagenomic sequencing reveals microbiota and its functional potential associated with periodontal disease, Scientific Reports, 2013, 第 1 作者
（13） Soil bacterial communities shaped by geochemical factors and land use in a less-explored area, Tibetan Plateau, BMC Genomics, 2013, 第 2 作者
（14） Composition based classification of short metagenomic sequences elucidates the landscapes of taxonomic and functional enrichment of microorganisms, Nucleic Acids Research, 2013, 第 5 作者

   

（ 1 ） 口腔菌群获得性免疫元件CRISPR与牙周健康状况的偶联机制研究, 主持, 国家级, 2014-01--2016-12
（ 2 ） 元基因组随机测序流程质量控制技术体系的建立, 主持, 部委级, 2011-10--2013-10
（ 3 ） 噬菌体与CRISPR协同对肠道初始菌群建立及动态调控的作用研究, 主持, 国家级, 2017-01--2020-12
（ 4 ） 生物安全组学资源整合和数据库搭建, 主持, 国家级, 2016-07--2018-12
（ 5 ） 微生物组结构解析方法的资源整合, 主持, 部委级, 2017-10--2019-09
（ 6 ） 人体噬菌体的时空间传递及其与宿主交互响应的研究, 主持, 国家级, 2019-01--2022-12