基本信息
陈曦  男  硕导  中国科学院自动化研究所
电子邮件: xi.chen@ia.ac.cn
通信地址: 北京市海淀区中关村东路95号
邮政编码: 100190

研究领域

生物组织高通量序列图像实时配准技术

招生信息

   
招生专业
081104-模式识别与智能系统

教育背景

2004-09--2009-07   中国科学院自动化研究所   博士
2000-09--2004-07   西安交通大学   学士

工作经历

   
工作简历
2021-04~现在, 中国科学院自动化研究所, 研究员
2012-10~2021-04,中国科学院自动化研究所, 高级工程师
2009-07~2012-10,中国科学院自动化研究所, 助理研究员

专利与奖励

   
专利成果
( 1 ) 一种对扫描电子显微镜图像畸变进行校正的方法, 发明, 2015, 第 1 作者, 专利号: ZL201110014855.6
( 2 ) 一种基于MCA的图像超分辨率重建方法, 发明, 2015, 第 4 作者, 专利号: ZL201110014847.1
( 3 ) 小波邻域高斯模型图像复原方法, 发明, 2014, 第 1 作者, 专利号: ZL201110014853.7
( 4 ) 一种基于多尺度基本形式的相似尺度图像融合方法, 发明, 2014, 第 4 作者, 专利号: ZL201110014846.7
( 5 ) 一种基于图像边缘保持自适应分解的超分辨率重建, 发明, 2014, 第 3 作者, 专利号: ZL201110014854.1
( 6 ) 基于带限二维EMD与Gabor自适应滤波的图像时频分析方法, 发明, 2014, 第 3 作者, 专利号: ZL201110014849.0
( 7 ) 利用自适应多尺度基本形成实现图像融合的方法, 发明, 2014, 第 4 作者, 专利号: ZL201110014845.2
( 8 ) 基于线粒体结构的图像配准方法及装置、存储介质及设备, 发明, 2017, 第 3 作者, 专利号: 201710610438.5
( 9 ) 多幅显微图像拼接中的灰度校正方法及装置, 发明, 2018, 第 1 作者, 专利号: 201711287182.5
( 10 ) 生物组织序列切片显微图像的配准方法及装置, 发明, 2020, 第 1 作者, 专利号: 201710638426.3
( 11 ) 面向序列切片的扫描电镜图像实时配准装置及方法, 发明, 2020, 第 1 作者, 专利号: 201711248908.4
( 12 ) 显微序列图像拼接方法及装置, 发明, 2019, 第 1 作者, 专利号: 201811213303.6
( 13 ) 生物样品三维结构的构建方法及装置, 发明, 2021, 第 1 作者, 专利号: 201811213305.5
( 14 ) 大视场光学显微图像成像装置及方法, 发明, 2020, 第 1 作者, 专利号: 201811213274.3
( 15 ) 基于X光图像的生物组织电镜图像校正方法、系统和装置, 发明, 2021, 第 1 作者, 专利号: 202011372160.0
( 16 ) 基于电镜图像的集成电路金属圆孔自动识别方法及系统, 发明, 2021, 第 4 作者, 专利号: 202011396899.5

出版信息

   
发表论文
(1) Virus Identification in Electron Microscopy Images by Residual Mixed Attention Network, Computer Methods and Programs in Biomedicine, 2021, 第 2 作者
(2) Human Attention-inspired Volume Reconstruction Method on Serial Section Electron Microscopy Images, Cytometry: Part A, 2021, 通讯作者
(3) Dual Networks for High-Precision and High-Speed Registration of Brain Electron Microscopy Images, Brain Sciences, 2020, 通讯作者
(4) SiamBOMB: A Real-time AI-based System for Home-cage Animal Tracking, Segmentation and Behavioral Analysis, IJCAI, 2020, 第 1 作者
(5) A common hub for sleep and motor control in the substantia nigra, Science, 2020, 第 8 作者
(6) Robust Global Optimized Affine Registration Method for Microscopic Images of Biological Tissue, International Conference on Acoustics, Speech and Signal Processing(ICASSP), 2020, 通讯作者
(7) Skeleton-based image registration of serial electron microscopy sections, SPIE Medical Imaging, 2019, 第 1 作者
(8) Image deformation based on contour using moving integral least squares, IET Image Processing, 2019, 通讯作者
(9) Fully Deep Convolutional Neural Networks for Mitochondria Segmentation, SPIE Medical Imaging, 2018, 第 3 作者
(10) An unsupervised network for fast microscopic image registration, SPIE Medical Imaging, 2018, 通讯作者
(11) Correlative light and electron microscopy for complex cellular structures on PDMS substrates with coded micro-patterns, Lab on a Chip, 2018, 通讯作者
(12) Non-iterative simulations rigid registration method for serial sections of biological tissue, IEEE International Symposium on Biomedical Imaging, 2018, 通讯作者
(13) Morphology-Retained Non-Linear Image Registration of Serial Electron Microscopy Sections, IEEE International Conference on Image Processing, 2018, 第 1 作者
(14) Deep Contextual Residual Network for Electron Microscopy Image Segmentation in Connectomics, IEEE International Symposium on Biomedical Imaging, 2018, 第 3 作者
(15) A Refined Spatial Transformer Network, International Conference on Neural Information Processing, 2018, 通讯作者
(16) Automatical Detecting and Connecting the Mitochondria From the Serial EM Images, IEEE International Conference on Mechatronics and Automation, 2017, 通讯作者
(17) An Efficient Method for Neuronal Tracking in Electron Microscopy Images, IEEE International Conference on Mechatronics and Automation, 2017, 通讯作者
(18) Image Deformation Using modified Moving Least Squares with outlines, IEEE International Conference on Mechatronics and Automation, 2017, 通讯作者
(19) Grayscale Inhomogeneity Correction Method for Multiple Mosaicked Electron Microscope Images, International Conference on Graphic and Image Processing, 2017, 通讯作者
(20) Large scale three-dimensional reconstruction of an entire Caenorhabditis elegans larva using AutoCUTS-SEM, Journal of Structural Biology, 2017, 第 3 作者
(21) 脑微观重建系统研究, 系统工程理论与实践, 2017, 第 2 作者
(22) An automated pipeline for bouton, spine, and synapse detection of in vivo two-photon images, Biodata Mining, 2017, 第 1 作者
(23) 3D-Reconstruction of Synapses with deep learning Based on EM images, SPIE Medical Imaging, 2017, 第 4 作者
(24) An Automated Pipeline for Mitochondrial Segmentation on ATUM-SEM Stacks, Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2017, 第 5 作者
(25) Deep Learning and Shapes Similarity for Joint Segmentation and Tracing single Neurons in SEM images, SPIE Medical Imaging, 2017, 第 4 作者
(26) Microscopic Neural Image Registration based on the Structure of Mitochondria, SPIE Medical Imaging, 2017, 通讯作者
(27) An automated detection for axonal boutons in vivo two-photon imaging of mouse, International Conference on Graphic and Image Processing, 2016, 第 4 作者
(28) Automatically Segmenting and Reconstructing Neurons in SEM images, IEEE Conference on Mechatronics and Automation, 2016, 第 5 作者
(29) Segmentation of Mitochondria Based on SEM Images, IEEE International Conference on Mechatronics and Automation, 2016, 通讯作者
(30) A Novel Rapid and Efficient Video Stabilization Algorithm for Mobile Platforms, IEEE International Conference on Visual Communications and Image Processing, 2016, 第 2 作者
(31) Wrinkle Image Registration for Serial Microscopy Sections, International Conference on Signal-Image Technology & Internet-Based Systems, 2015, 第 1 作者

科研活动

   
科研项目
( 1 ) 大目标场景下的电镜图像拼接方法研究, 主持, 国家级, 2013-01--2015-12
( 2 ) 智能汽车的视觉感知关键技术研究, 参与, 国家级, 2017-01--2020-12
( 3 ) 突触水平神经大数据重建与分析平台, 参与, 省级, 2016-05--2018-12
( 4 ) 生物切片序列高通量扫描电镜三维影像系统, 参与, 部委级, 2017-01--2018-12
( 5 ) 微观脑网络结构分析与重构, 参与, 部委级, 2015-07--2017-06
( 6 ) 果蝇脑超薄切片图像处理, 主持, 院级, 2014-10--2017-12
( 7 ) 大脑微观三维重建, 参与, 市地级, 2014-01--2015-06
( 8 ) 果蝇视觉系统的微观结构重建及网络分析, 参与, 国家级, 2017-07--2020-06
( 9 ) 面向超薄序列切片的三维电镜自动成像技术研究, 参与, 国家级, 2018-01--2020-12
( 10 ) 灵长类全脑神经联接图谱计划, 参与, 部委级, 2017-01--2021-12
( 11 ) 纳米级芯片智能分析系统研发及产业化, 主持, 省级, 2018-07--2020-06
( 12 ) 生物序列切片扫描电镜图像实时配准技术功能开发, 主持, 部委级, 2018-09--2020-08
( 13 ) 序列切片透射电镜电子断层成像数据配准系统研制, 主持, 部委级, 2020-09--2022-08
( 14 ) 笼养动物实时跟踪、分割和行为分析的智能化系统, 主持, 部委级, 2020-01--2024-12
( 15 ) 中科院关键技术人才, 主持, 部委级, 2019-01--2021-12