课题组的研究方向为肿瘤演化与生物信息学，主要运用基因组学、单细胞谱系追踪和数学建模等方法解码肿瘤演化和细胞命运决定的动态过程和机制，包括 (1) 癌前病变的起源和克隆演化；（2）基于单细胞组学的细胞命运轨迹分析；（3）单细胞谱系示踪技术和分析算法开发

招收博士生和硕士生。

071010-生物化学与分子生物学
071008-发育生物学

生物信息学
肿瘤演化
单细胞组学

2010-09--2015-06   中科院北京基因组研究所   博士
2006-09--2010-06   华中科技大学   本科

   

   

（1） 2023年中国生物信息学十大进展, 一等奖, 国家级, 2023
（2） 中组部****, 国家级, 2020
（3） 创新基因组研究所博士后奖, , 其他, 2016
（4） 人类前沿科学项目奖, , 其他, 2016
（5） 中国科学院院长优秀奖, 院级, 2013
（6） 中国青少年科技创新奖, 国家级, 2010

   

（1） Immune-tumor interaction dictates spatially directed evolution of esophageal squamous cell carcinoma, National Science Review, 2024, 第 22 作者  通讯作者
（2） PhyloVelo enhances transcriptomic velocity field mapping using monotonically expressed genes, Nature Biotechnology, 2023, 第 11 作者  通讯作者
（3） Genome instability is associated with ethnic differences between Asians and Europeans in hepatocellular carcinoma, THERANOSTICS, 2022, 第 12 作者
（4） Patient-Derived Upper Tract Urothelial Carcinoma Organoids as a Platform for Drug Screening, ADVANCED SCIENCE, 2022, 第 17 作者
（5） A Genetic Bottleneck of Mitochondrial DNA During Human Lymphocyte Development, MOLECULAR BIOLOGY AND EVOLUTION, 2022, 第 11 作者
（6） 以非天然核酸为遗传物质的人工生命构建, Construction of synthetic life forms with genetic materials comprising unnatural nucleic acids, 科学通报, 2021, 第 7 作者
（7） Multi-cancer analysis of clonality and the timing of systemic spread in paired primary tumors and metastases, NATURE GENETICS, 2020, 第 1 作者
（8） Looking backward in time to define the chronology of metastasis, NATURE COMMUNICATIONS, 2020, 第 11 作者
（9） Quantitative evidence for early metastatic seeding in colorectalcancer, NATURE GENETICS, 2019, 第 1 作者
（10） Between-region genetic divergence reflects the mode and tempo of tumor evolution, NATURE GENETICS, 2017, 第 2 作者

   

（ 1 ） 肺癌脑转移趋向性的关键细胞亚群、演化规律和临床预测模型研究, 负责人, 国家任务, 2023-01--2025-12
（ 2 ） 针对高噪音基因组测序数据的肿瘤演化推断算法开发及其应用研究, 负责人, 国家任务, 2022-10--2026-12
（ 3 ） 小鼠细胞命运决定过程中基因表达网络的数学建模和关键模式识别, 负责人, 国家任务, 2022-04--2027-04
（ 4 ） 转移性结直肠癌的基因组演化模式与机制, 负责人, 地方任务, 2021-01--2024-12

（1）Mapping precancerous origin and evolution with single-cell lineage tracing   2024-04-06
（2）Mapping cell fate dynamics using lineage-traced single-cell transcriptomic data   2023-12-06
（3）Evolutionary dynamics of tumor growth and metastases   2019-12-02
（4）The timing and determinants of metastatic progression   2019-10-07
（5）Inferring the origin of metastasis throughspatial-temporal modeling   2017-11-04
（6）Quantitative evidence for early metastatic dissemination in colorectal cancer   2017-09-26

现指导学生

赵晓宇  硕士研究生  086000-生物与医药  

闫利霞  硕士研究生  086000-生物与医药  

朱琳  博士研究生  071010-生物化学与分子生物学  

白云鹏  硕士研究生  086000-生物与医药  

张浩  博士研究生  071010-生物化学与分子生物学