课题组主要研究基因转录调控规则，侧重于探索反式作用因子和顺式调控元件间的相互作用规则以及其在细胞命运调控中的分子机制。具体研究内容包括：

   1) 构建和应用深度学习模型、开发组学数据分析方法；

   2) 研究基因组调控区域的序列特征、启动子与增强子间的相互作用规则、转录因子间合作规则，及它们对基因转录的影响;

   3) 探索细胞特异性调控网络及其在细胞发育、分化和疾病发生中的分子机制。

为实现这些研究内容，课题组将采用多学科的方法和技术，包括深度学习、生物信息学、基因组学、CRISPR基因编辑、高通量筛选、以及各种测序技术(如STARR-Seq、Hi-C、ATAC-Seq、ChIP-Seq、RNA-Seq等)。

欢迎有生物学、计算机、数学、深度学习等背景的同学加入我们团队。

071010-生物化学与分子生物学

生物信息学与多组学数据整合分析
基因转录调控

2009-08--2014-07   中国科学院大学(中国科学院北京基因组研究所)   博士
2005-09--2009-06   华中科技大学   本科

2023-10~现在, 中国科学院广州生物医药与健康研究院, 研究员
2022-01~2023-10,美国国立卫生研究院(NIH), Research Fellow
2017-02~2022-01,美国国立卫生研究院(NIH), Postdoctoral Fellow
2014-10~2017-02,美国梅奥医学中心(Mayo Clinic), Research Fellow

   

（1） TFSyntax: a database of transcription factors binding syntax in mammalian genomes, NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 2023, 通讯作者
（2） Assessment and Optimization of Explainable Machine Learning Models Applied to Transcriptomic Data, GENOMICS, PROTEOMICS & BIOINFORMATICS, 2022, 通讯作者
（3） "Stripe" transcription factors provide accessibility to co-binding partners in mammalian genomes, MOLECULAR CELL, 2022, 通讯作者
（4） NucMap: a database of genome-wide nucleosome positioning map across species, NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 2019, 第 1 作者
（5） PGAP-X: extension on pan-genome analysis pipeline, BMC GENOMICS, 2018, 第 1 作者
（6） FOXA1 defines cancer cell specificity, SCIENCE ADVANCES, 2016, 第 2 作者
（7） Foxa1 is Essential for Mammary Duct Formation, GENESIS, 2016, 第 2 作者
（8） Interplay of estrogen receptors and FOXA factors in the liver cancer, MOLECULAR AND CELLULAR ENDOCRINOLOGY, 2015, 第 1 作者
（9） The complete chloroplast genome provides insight into the evolution and polymorphism of Panax ginseng, FRONTIERS IN PLANT SCIENCE, 2015, 第 1 作者
（10） PanGP: A tool for quickly analyzing bacterial pan-genome profile, BIOINFORMATICS, 2014, 第 1 作者
（11） PGAP: pan-genomes analysis pipeline, BIOINFORMATICS, 2012, 第 1 作者

   

（ 1 ） 启动经费, 负责人, 研究所自选, 2023-10--2026-09