张亚平    博导  中国科学院昆明动物研究所

第三世界科学院院士 中国科学院院士

电子邮件: zhangyp@mail.kiz.ac.cn
通信地址: 中国科学院昆明动物研究所
邮政编码: 650223

研究领域


主要从事基因组多样性研究。近期的研究重点是动物基因组进化与适应进化的遗传机制,家养动物基因组及人工驯化遗传机制,动物与人的遗传多样性等。

一、动物基因组进化与适应进化的遗传机制  生物进化就是生物不断适应环境的过程,其遗传机制是生物学上的基本问题。我们主要围绕能量代谢、信息感受与传导及食物消化系统等探讨动物适应其生态位的遗传机制。

二、家养动物基因组及人工驯化遗传机制  家养动物是人类社会发展到特定阶段的产物,在基因组水平上阐明东亚在家养动物起源中的地位及其人工驯化的遗传机制,不仅可为未来畜禽新品种的培育奠定科学基础,而且对了解人类进化的历史也有重要意义。

三、动物与人的遗传多样性  围绕全球生物多样性热点以及地球科学关注的焦点区域,选择代表动物类群,结合基因组信息技术发展,重建不同物种类别的进化历程、格局变化模式,探索古地质演化及环境、气候变动历史。同时了解人类自身的进化历程是我们不断探索的问题。我们在基因组水平研究现代人走出非洲之后的迁移历史及其对环境适应的遗传机制。


招生信息

   
招生专业
071007-遗传学
招生方向
分子进化与基因组多样性

教育背景

1986-09--1991-07   中国科学院昆明动物研究所   博士学位
1982-09--1986-07   复旦大学生物系   学士学位
学历
-- 研究生
学位
-- 博士
出国学习工作
   

工作经历



工作简历
2012-01~现在, 中国科学院, 副院长
2007-11~现在, 中国科学院昆明动物研究所“遗传资源与进化”国家重点实验室, 主任
2007-11~现在, 发展中国家科学院, 院士
2005-03~现在, 中国科学院昆明动物研究所, 所长
2003-10~现在, 中国科学院院士, 云南大学特聘教授
1999-07~现在, 云南省畜禽分子生物学重点实验室, 主任
1996-07~2005-03,中国科学院昆明动物研究所, 副所长
1995-08~2000-09,中国科学院昆明动物研究所细胞与分子进化开放研究实验室, 研究员,博士生导师,主任
1992-08~1995-08,美国圣地亚哥濒危动物繁殖中心(CRES)分子遗传实验室, 博士后研究
1991-07~1992-08,中国科学院昆明动物研究所, 助理研究员
社会兼职
2014-06-30-今,中国动物学会, 常务理事
2013-10-01-今,国际生命条形码中国委员会, 主席
2013-09-01-今,中国遗传学会, 理事长
2011-04-30-今,Journal of Heredity, Associated Editor
2010-07-02-今,Genome Biology and Evolution, 副主编
2009-04-03-今,中华人民共和国濒危物种科学委员会, 副主任
2008-07-08-今,Animal Genetics, Associated Editor
2008-06-10-今,国际生命条形码中国委员会, 副主任
2005-06-30-2013-08-31,中国遗传学会, 副理事长
2005-06-30-2014-06-30,中国动物学会, 副理事长

教授课程

   

专利与奖励

   
奖励信息
(1) 基因组多样性与亚洲人群的演化, 二等奖, 国家级, 2014
(2) 动物适应性进化的分子机制, 一等奖, 省级, 2013
(3) 基因组多样性与亚洲人群的演化, 特等奖, 省级, 2013
(4) 真兽类若干类群的分子系统学研究, 一等奖, 部委级, 2010
(5) 第二届谈家桢生命科学成就奖, , 专项, 2009
(6) 线粒体基因组多样性与东亚人群历史的研究, 二等奖, 国家级, 2006
(7) 长江学者成就奖一等奖, 一等奖, 部委级, 2006
(8) 云南省科学技术突出贡献奖, 特等奖, 省级, 2005
(9) 线粒体基因组多样性与东亚人群历史的研究, 一等奖, 省级, 2005
(10) 癌基因和抑癌基因在乳腺癌发生中的作用的分子病理研究, 一等奖, 省级, 2005
(11) 何梁何利基金科学与技术进步奖, , 其他, 2004
(12) 全球华人生物科学家大会生命科学创新奖, , 其他, 2004
(13) 生物多样性领导奖(Biodiversity Leadership Awards), , 其他, 2002
专利成果
   

出版信息

   
发表论文
(1) Out of southern East Asia: the natural history of domestic dogs across the world, Cell Research 26:21-33, 2016, 通讯作者
(2) Questioning the evidence for a Central Asian domestication origin of dogs, PNAS 113:e2554, 2016, 通讯作者
(3) Divergence of dim-light vision among bats (order: Chiroptera) as estimated by molecular and electrophysiological methods, Scientific Reports 5:11531, 2015, 通讯作者
(4) Genetic adaptations of the plateau zokor in high-elevation burrows, Scientific Reports 5:17262, 2015, 通讯作者
(5) DNA methylation signatures of long intergenic noncoding RNAs in porcine adipose and muscle tissues, Scientific Reports 5:15435, 2015, 通讯作者
(6) DomeTree: a canonical toolkit for mitochondrial DNA analyses in domesticated animals, Mol. Ecol. Res. 15:1238-42, 2015, 通讯作者
(7) Caveats about interpretation of ancient chicken mtDNAs from northern China, PNAS 112(16):E1970–71, 2015, 通讯作者
(8) Genomic analyses reveal potential independent adaptation to high altitude in Tibetan chickens, Mol Biol Evol, 2015, 通讯作者
(9) Integrative analyses of RNA-editing, alternative splicing and expression of young genes in human brain transcriptome by deep RNA-sequencing, Journal of Molecular Cell Biology, 2015, 通讯作者
(10) DoGSD: the dog and wolf genome SNP database, Nucleic Acids Research, 2015, 通讯作者
(11) Tempo and mode of recurrent polyploidization in the Carassius auratus species complex (Cypriniformes, Cyprinidae), Heredity, 2014, 通讯作者
(12) Retrieving Y chromosomal haplogroup trees using GWAS data, Eu J Hum Genetics 22:1046–50, 2014, 通讯作者
(13) Genetic Convergence in the Adaptation of Dogs and Humans to the High-Altitude Environment of the Tibetan Plateau, Genome Biol. Evol. 6(8):2122–28, 2014, 通讯作者
(14) Domestication Genomics: Evidence from Animals, Annu. Rev. Anim. Biosci. 2:65–84, 2014, 通讯作者
(15) TNF -308 G/A Polymorphism and Risk of Acne Vulgaris: A Meta-Analysis, Plos One 9(2):e87806, 2014, 通讯作者
(16) Genome-Wide Identification of Long Intergenic Noncoding RNA Genes and Their Potential Association with Domestication in Pigs, Genome Biol. Evol. 6(6):1387–92, 2014, 通讯作者
(17) Population Variation Revealed High-Altitude Adaptation of Tibetan Mastiffs, Mol. Biol. Evol. 31(5):1200–05, 2014, 通讯作者
(18) Two new susceptibility loci 1q24.2 and 11p11.2 confer risk to severe acne, Nature Communications 5:2870, 2014, 通讯作者
(19) Mitochondrial Genomes of Domestic Animals Need Scrutiny, Molecular Ecology 23:5393–97, 2014, 通讯作者
(20) Mitogenomic analyses propose positive selection inmitochondrial genes for high-altitude adaptation in galliform birds, Mitochondrion 18:70–75, 2014, 通讯作者
(21) Evolutionary and Functional Novelty of Pancreatic Ribonuclease: a Study of Musteloidea (order Carnivora), Scientific Reports, 2014, 通讯作者
(22) Chicken domestication: an updated perspective based on mitochondrial genomes, Heredity 110: 277–282, 2013, 通讯作者
(23) Geological events play a larger role than Pleistocene climatic fluctuations in the genetic structure of the montane stream-dwelling frog Quasipaa boulengeri (Anura: Dicroglossidae) in southern China, Molecular Ecology, 2013, 通讯作者
(24) Cold code: the global initiative to DNA barcode amphibians and nonavian reptiles, Molecular Ecology Resources, 2013, 通讯作者
(25) Diversification of rhacophorid frogs provides evidence for accelerated faunal exchange between India and Eurasia during the Oligocene, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2013, 通讯作者
(26) The genomics of selection in dogs and the parallel evolution between dogs and humans, Nature Communications 4:1860, 2013, 通讯作者
(27) Artificial selection on brain-expressed genes during the domestication of dog, Molecular Biology and Evolution, 2013, 通讯作者
(28) Draft genome sequence of the Tibetan antelope, Nature Communications 4:1858, 2013, 通讯作者
(29) Speciation in the Rana chensinensis species complex and its relationship to the uplift of the Qinghai-Tibetan Plateau., Mol Evol 21(4):960-73., 2012, 通讯作者
(30) Revisiting the role of the Himalayas in peopling Nepal: insights from mitochondrial genomes. J Hum Genet. 2012;57(4):228-34., J Hum Genet. 2012;57(4):228-34., 2012, 通讯作者
(31) Multiple episodes of convergence in genes of the dim light vision pathway in bats., PLos One 7(4):e34564., 2012, 通讯作者
(32) The Origin and Evolution of Variable Number Tandem Repeat of CLEC4M Gene in the Global Human Population., Plos One 7(1)., 2012, 通讯作者
(33) Positive selection on the gene RNASEL: correlation between patterns of evolution and function., Mol. Biol. Evol. Research article 29(10):3161–68, 2012, 通讯作者
(34)  , Origins of domestic dog in Southern East Asia is supported by analysis of Y-chromosome DNA., Heredity 2012;108(5):507-14., 2012, 通讯作者
(35) Universal COI primers for DNA barcoding amphibians., Mol Ecol Resour 12(2):247-58., 2012, 通讯作者
(36) Difference in selection driver Olfactory receptor genes in different directions in dogs and wolf, Mol Biol Evol 29(11):3475–84, 2012, 通讯作者
(37) Quaternary palaeoenvironmental oscillations drove the evolution of the Eurasian Carassius auratus complex (Cypriniformes, Cyprinidae), J. Biogeogr 39(12):2264-78, 2012, 通讯作者
(38) Patrilineal Perspective on the Austronesian Diffusion in Mainland Southeast Asia, Plos One 7(5), 2012, 通讯作者
(39) Genetic Adaptation of the Hypoxia-Inducible Factor Pathway to Oxygen Pressure among Eurasian Human Populations, Mol. Biol. Evol. 29(11):3359–70, 2012, 通讯作者
(40) Parallel Evolution of Auditory Genes for Echolocation in Bats and Toothed Whales, PLos Genet 8(6):e1002788, 2012, 通讯作者
(41) Mitogenomic analysis of Chinese snub-nosed monkeys: Evidence of positive selection in NADH dehydrogenase genes in high-altitude adaptation.,  Mitochondrion. 2011;11(3):497-503., 2011, 通讯作者
(42) On the phylogeny of Mustelidae subfamilies: analysis of seventeen nuclear non-coding loci and mitochondrial complete genomes. , BMC Evol Biol. 2011;11., 2011, 通讯作者
(43) Phylogenetic Utility of Nuclear Introns in Interfamilial Relationships of Caniformia (Order Carnivora)..,  Systematic Biology. 2011;60(2):175-87, 2011, 通讯作者
(44) Evidence for Positive Selection on the Leptin Gene in Cetacea and Pinnipedia. , Plos One. 2011;6(10)., 2011, 通讯作者
(45) Different level of population differentiation among human genes. , BMC Evol Biol. 2011;11., 2011, 通讯作者
(46) Eukaryotic origin of a metabolic pathway in virus by horizontal gene transfer. , Genomics. 2011;98(5):367-9., 2011, 通讯作者
(47) De Novo Origin of Human Protein-Coding Genes. , Plos Genet. 2011;7(11)., 2011, 通讯作者
(48) Mitochondrial DNA evidence supports northeast Indian origin of the aboriginal Andamanese in the Late Paleolithic. , Journal of Genetics and Genomics. 2011;38(3):117-22., 2011, 通讯作者
(49) Uncovering the Profile of Somatic mtDNA Mutations in Chinese Colorectal Cancer Patients. , Plos One. 2011;6(6)., 2011, 通讯作者
(50) Evaluating the Roles of Energetic Functional Constraints on Teleost Mitochondrial-Encoded Protein Evolution.,  Molecular Biology and Evolution. 2011;28(1):39-44., 2011, 通讯作者
(51) Inferring the Population Expansions in Peopling of Japan. , Plos One. 2011;6(6)., 2011, 通讯作者
(52) Inland post-glacial dispersal in East Asia revealed by mitochondrial haplogroup M9ab. , Bmc Biology. 2011;9., 2011, 通讯作者
(53) Tracing the legacy of the early Hainan Islanders-a perspective from mitochondrial DNA. , BMC Evol Biol. 2011;11., 2011, 通讯作者
(54) Absence of association between mitochondrial DNA C150T polymorphism and longevity in a Han Chinese population.,  Experimental Gerontology. 2011;46(6):511-5., 2011, 通讯作者
(55) Reticulate evolution: frequent introgressive hybridization among chinese hares (genus lepus) revealed by analyses of multiple mitochondrial and nuclear DNA loci. , BMC Evol Biol. 2011;11., 2011, 通讯作者
(56) Large-Scale mtDNA Screening Reveals a Surprising Matrilineal Complexity in East Asia and Its Implications to the Peopling of the Region. , Molecular Biology and Evolution. 2011;28(1):513-22., 2011, 通讯作者
(57) Multi-Locus Analysis Reveals A Different Pattern of Genetic Diversity for Mitochondrial and Nuclear DNA between Wild and Domestic Pigs in East Asia.,  Plos One. 2011;6(10)., 2011, 通讯作者
(58) Highly variable recessive lethal or nearly lethal mutation rates during germ-line development of male Drosophila melanogaster. , PNAS 2011;108(38):15914-9., 2011, 通讯作者
(59) Y-chromosome haplogroup diversity in the sub-Himalayan Terai and Duars populations of East India. , Journal of Human Genetics. 2011;56(11):765-71., 2011, 通讯作者
(60) Bawa KS, Koh LP, Lee TM, Liu JG, Ramakrishnan PS, Yu DW, Zhang YP, Raven PH: China, India, and the Environment., Science 2010, 327(5972):1457-1459, 2010, 通讯作者
(61) Che J, Zhou WW, Hu JS, Yan F, Papenfuss TJ, Wake DB, Zhang YP: Spiny frogs (Paini) illuminate the history of the Himalayan region and Southeast Asia., Proc Natl Acad Sci U S A 2010, 107(31):13765-13770., 2010, 通讯作者
(62) Ji LD, Xu J, Wu DD, Xie SD, Tang NLS, Zhang YP: Association of disease-predisposition polymorphisms of the melatonin receptors and sunshine duration in the global human populations., Journal of Pineal Research 2010, 48(2):133-141., 2010, 通讯作者
(63) Kong QP, Sun C, Wang HW, Zhao M, Wang WZ, Zhong L, Hao XD, Pan H, Wang SY, Cheng YT et al: Large-scale mtDNA screening reveals a surprising matrilineal complexity in East Asia and its implications to the peopling of the region., Mol Biol Evol 2010, 2010, 通讯作者
(64) Li J, Yang H, Li JR, Li HP, Ning T, Pan XR, Shi P, Zhang YP: Artificial selection of the melanocortin receptor 1 gene in Chinese domestic pigs during domestication. , Heredity 2010, 105(3):274-281., 2010, 通讯作者
(65) Peng MS, Quang HH, Dang KP, Trieu AV, Wang HW, Yao YG, Kong QP, Zhang YP: Tracing the Austronesian footprint in Mainland Southeast Asia: a perspective from mitochondrial DNA. , Mol Biol Evol 2010, 27(10):2417-2430., 2010, 通讯作者
(66) Shen YY, Liang L, Zhu ZH, Zhou WP, Irwin DM, Zhang YP: Adaptive evolution of energy metabolism genes and the origin of flight in bats. , Proc Natl Acad Sci U S A 2010, 107(19):8666-8671., 2010, 通讯作者
(67) Sun YB, Shen YY, Irwin DM, Zhang YP: Evaluating the Roles of Energetic Functional Constraints on Teleost Mitochondrial-Encoded Protein Evolution. , Mol Biol Evol , 2010, 通讯作者
(68) Wu DD, Zhang YP: Positive selection drives population differentiation in the skeletal genes in modern humans. Hum Mol Genet 2010, 19(12):2341-2346., Hum Mol Genet 2010, 19(12):2341-2346., 2010, 通讯作者
(69) Yu L, Jin W, Wang JX, Zhang X, Chen MM, Zhu ZH, Lee H, Lee M, Zhang YP: Characterization of TRPC2, an essential genetic component of VNS chemoreception, provides insights into the evolution of pheromonal olfaction in secondary-adapted marine mammals. , Mol Biol Evol 2010, 27(7):1467-1477., 2010, 通讯作者
(70) Yu L, Wang XY, Jin W, Luan PT, Ting N, Zhang YP: Adaptive evolution of digestive RNASE1 genes in leaf-eating monkeys revisited: new insights from ten additional colobines. , Mol Biol Evol 2010, 27(1):121-131., 2010, 通讯作者
(71) Zhong L, Zhang YP, Fu WP, Dai LM, Sun C, Wang YQ: The Relationship between GSTP1 I105V Polymorphism and COPD: A Reappraisal. American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine 2010, 181(7):763-765., American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine 2010, 181(7):763-765., 2010, 第 2 作者
(72) 54. Pang JF, Kluetsch C, Zou XJ, Zhang AB, Luo LY, Angleby H, Ardalan A, Ekstrom C, Skollermo A, Lundeberg J et al: mtDNA Data Indicate a Single Origin for Dogs South of Yangtze River, Less Than 16,300 Years Ago, from Numerous Wolves. Molecular Biology and Evolution 2009, 26(12):2849-2864., Molecular Biology and Evolution 2009, 26(12):2849-2864, 2009, 通讯作者
(73) 55. Shen YY, Shi P, Sun YB, Zhang YP: Relaxation of selective constraints on avian mitochondrial DNA following the degeneration of flight ability.,  Genome Research 2009, 19(10):1760-1765., 2009, 通讯作者
(74) 60. Wu DD, Wang GD, Irwin DM, Zhang YP: A Profound Role for the Expansion of Trypsin-Like Serine Protease Family in the Evolution of Hematophagy in Mosquito. , Molecular Biology and Evolution 2009, 26(10):2333-2341., 2009, 通讯作者
(75) 66. Zhao M, Kong QP, Wang HW, Peng MS, Xie XD, Wang WZ, Jiayang, Duan JG, Cai MC, Zhao SN et al: Mitochondrial genome evidence reveals successful Late Paleolithic settlement on the Tibetan Plateau. , Proc Na Acad Sci USA 2009, 106(50):21230-21235., 2009, 通讯作者
发表著作
   

科研活动

   
科研项目
( 1 ) 动物DNA条形码基因和隐存多样性的研究, 主持, 国家级, 2011-01--2014-12
( 2 ) 猪脂肪沉积等优质高产分子模块解析, 主持, 部委级, 2013-08--2017-12
( 3 ) 家养动物的基因组学研究与品种培育, 主持, 省级, 2013-01--2014-12
( 4 ) 基因组中新遗传结构的起源与动物的适应进化, 参与, 国家级, 2014-01--2016-12
( 5 ) 中亚人群的高原适应遗传机制研究, 主持, 省级, 2015-01--2016-12
( 6 ) 利用郊狼基因组探讨物种形成, 主持, 省级, 2016-01--2017-12
参与会议
   

合作情况

   
项目协作单位
   

指导学生

已指导学生

姚永刚  01  19175  

吕雪梅  01  20753  

何德  01  19175  

王成业  01  19175  

李英  01  19175  

李海鹏  01  19175  

施鹏  01  19175  

吴桂生  01  19175  

杨晖  01  19175  

孙昌  01  19175  

丁波  01  20753  

季吟秋  01  19175  

张云武  01  20753  

龚远英  01  19175  

李青青  01  19175  

于黎  01  19175  

贾璐  01  19175  

丁远春  01  20753  

罗静  01  19175  

罗怀容  01  19175  

庞峻峰  01  20753  

孔庆鹏  01  19175  

潘登  01  19175  

王保成  01  19175  

李海鹏  02  20798  

肖瑞  02  19182  

王晓霞  02  20798  

刘仲敏  02  20798  

张云武  02  20798  

罗静  02  20798  

杨东明  02  20798  

吴春花  02  20798  

何静  02  19182  

谢海兵  01  19175  

李慧  01  19175  

何芳  02  19182  

谢亮  01  19175  

潘卉  01  19175  

王国栋  01  19175  

沈永义  01  19180  

王文智  01  19180  

吴东东  01  19180  

彭旻晟  01  19180  

赵勉  01  19180  

孙艳波  01  19180  

郝晓丹  01  19180  

周炜帏  01  19180  

刘菲  02  19180  

杨军校  01  19180  

梁璐  01  19180  

颜芳  01  19180  

韩徐曼  02  63228  

曹雪  01  19180  

白冰  01  19180  

徐丹  01  19180  

史妮妮  02  63228  

袁智勇  01  19175  

刘鹤群  01  19180  

周太成  01  19180  

姚瑶  02  63228  

邵永  01  19180  

柴静  01  19180  

现指导学生

杨阳  01  19180  

王明山  01  19180  

吴宏  01  19180  

汪轩  02  19180  

芦方茹  02  63228  

叶凌群  01  19180  

尹婷婷  01  19180  

曾琳  01  19180  

胡靖扬  01  19180  

黄翠萍  01  19180  

李明莉  02  19180  

黎武略  02  19180  

马成  02  63228  

李建波  01  19180  

吕梦蝶  01  19180  

王运梅  01  19180  

周其俊  02  63228  

许明敏  02  19180  

耿伟航  01  19180  

马云飞  01  19180  

沈全宽  01  19180