基本信息

刘长宁  男  博导  中国科学院西双版纳热带植物园
电子邮件: liuchangning@xtbg.ac.cn
通信地址: 云南省西双版纳州勐腊县勐仑镇中科院植物园科研中心
邮政编码: 666303

研究领域

主要从事生物信息学相关研究工作,特别是与非编码基因以及生物复杂网络相关的研究工作。目前研究组主要研究内容围绕云南省丰富的药用植物和经济植物资源展开,利用生物信息学和系统生物学方法,从事基于高通量测序数据分析结合分子生物学实验的非模式植物功能基因组研究,包括:相关数据库、软件、算法的设计开发;非模式植物重要分子通路的解析;重要药用植物和经济植物功能基因组的研究。

招生信息

中科院西双版纳热带植物园硕士研究生考试科目(2022):

植物学:101思想政治理论、201英语一、621植物学、853遗传学

生物与医药:101思想政治理论、201英语一、338生物化学、846普通生物学


同时在中国科学技术大学招收研究生(考试科目信息见官网),欢迎报考。


招收保研学生(中科院西双版纳热带植物园和中国科学技术大学),欢迎有保研资格同学联系。

教育背景

2006-06--2007-01   哈佛大学Dana Farber癌症研究所   访问学生
2002-09--2007-07   中国科学院计算技术研究所   博士
1996-09--2000-07   武汉大学   学士

工作经历

   
工作简历
2014-11~现在, 中国科学院西双版纳热带植物园, 研究员
2011-01~2013-01,德克萨斯大学达拉斯分校, 访问学者
2010-10~2014-10,中国科学院计算技术研究所, 副研究员
2007-07~2010-09,中国科学院计算技术研究所, 助理研究员
社会兼职
2020-01-01-今,中国医药质量管理协会临床试验及大数据质量管理分会, 委员
2020-01-01-今,中国细胞生物学学会植物器官发生分会, 委员
2020-01-01-今,Frontiers in Genetics, 客座副编辑
2019-04-30-今,Scientific Reports, Editorial Board, Editorial Board Member
2013-05-01-今,中科院数学、计算机与生命科学交叉研究青年论坛, 组委会成员
2011-06-01-今,中国科学院青年创新促进会, 会员
2010-10-01-今,Asia Pacific Bioinformatics Network , 会员

教授课程

生物信息学

专利与奖励

   
奖励信息
(1) 中国科学院卢嘉锡青年人才奖, , 院级, 2008
(2) 中国科学院院长优秀奖学金, , 院级, 2007
(3) 中国科学院计算技术研究所所长奖学金, , 研究所(学校), 2006
(4) 中国科学院研究生院优秀研究生奖学金, , 院级, 2003

出版信息

   
发表论文
(1) The computational approaches of lncRNA identification based on coding potential: status quo and challenges, Computational and Structural Biotechnology Journal, 2020, 通讯作者
(2) Transcriptome analysis of Paris polyphylla var. yunnanensis illuminates the biosynthesis and accumulation of steroidal saponins in rhizomes and leaves, Phytochemistry, 2020, 通讯作者
(3) Dynamic Expansion and Functional Evolutionary Profiles of Plant Conservative Gene Family SBP-Box in Twenty Two Flowering Plants and the Origin of miR156, Biomolecules, 2020, 通讯作者
(4) CRISPRlnc: a manually curated database of validated sgRNAs for lncRNAs, Nucleic Acids Research, 2019, 通讯作者
(5) Regulatory roles of long non-coding RNAs implicated in cancer hallmarks, International Journal of Cancer, 2019, 通讯作者
(6) Coding or noncoding, the converging concepts of RNAs, Frontiers in Genetics, 2019, 通讯作者
(7) Identification of Cancer-Related Long Non-Coding RNAs Using XGBoost With High Accuracy, Frontiers in Genetics, 2019, 通讯作者
(8) Genome-wide identification, phylogeny, and expression analysis of the SBP-box gene family in Euphorbiaceae, BMC Genomics, 2019, 通讯作者
(9) JCDB: a comprehensive knowledge base for Jatropha curcas, an emerging model for woody energy plants, BMC Genomics, 2019, 通讯作者
(10) ZFLNC: a comprehensive and well-annotated database for zebrafish lncRNA, Database, 2018, 通讯作者
(11) Genome-wide Identification, Characterization and Expression Profiling of the Legume BZR Transcription Factor Gene Family, Frontiers in Plant Science, 2018, 通讯作者
(12) Comparative chloroplast genomes of Paris Sect. Marmorata: insights into repeat regions and evolution implications, BMC Genomics, 2018, 通讯作者
(13) CRlncRNA: a manually curated database of cancer-related long non-coding RNAs with experimental proof of functions on clinicopathological and molecular features, BMC Medical Genomics, 2018, 通讯作者
(14) CRlncRC: a novel machine learning method for cancer-related long noncoding RNA identification based on integrated features, BMC Medical Genomics, 2018, 通讯作者
(15) Comprehensive analysis of coding-lncRNA gene co-expression network uncovers conserved functional lncRNAs in zebrafish, BMC Genomics, 2018, 通讯作者
(16) Genome-Wide Screening and Characterization of the Dof Gene Family in Physic Nut (Jatropha curcas L.), International Journal of Molecular Sciences, 2018, 通讯作者
(17) Comparison of the Prognostic Utility of the Diverse Molecular Data among lncRNA, DNA Methylation, microRNA, and mRNA across Five Human Cancers, PLoS One, 2015, 第 3 作者
(18) Prioritization of Cancer-Related Genomic Variants by SNP Association Network, Cancer Informatics, 2015, 第 1 作者
(19) Long Non-Coding Rnas and Complex Human Diseases, Int J Mol Sci, 2013, 通讯作者
(20) CloudLCA: finding the lowest common ancestor in metagenome analysis using cloud computing, Protein Cell, 2012, 第 3 作者
(21) Large-Scale Prediction of Long Non-Coding Rna Functions in a Coding-Non-Coding Gene Co-Expression Network, Nucleic Acids Res, 2011, 第 2 作者
(22) Ncfans: A Web Server for Functional Annotation of Long Non-Coding Rnas, Nucleic Acids Res, 2011, 通讯作者
(23) Exploring Hierarchical and Overlapping Modular Structure in the Yeast Protein Interaction Network, BMC Genomics, 2010, 第 1 作者
(24) Clustered Micrornas Coordination in Regulating Protein Protein Interaction Network, BMC Syst Biol, 2009, 第 2 作者
(25) Noncode V2.0: Decoding the Non-Coding, Nucleic Acids Res, 2008, 第 2 作者
(26) Microrna Regulation of Messenger-Like Noncoding Rnas, Trends Genet, 2008, 第 3 作者
(27) Microrna-Encoding Long Non-Coding Rnas, BMC Genomics, 2008, 第 3 作者
(28) Dynamic Changes in Subgraph Preference Profiles of Crucial Transcription Factors, PLoS Comput Biol, 2006, 第 2 作者
(29) Noncode: An Integrated Knowledge Database of Non-Coding Rnas, Nucleic Acids Res, 2005, 第 1 作者
发表著作
(1) 生物信息学计算技术和软件导论, 科学出版社, 2017-01, 第 5 作者

科研活动

   
科研项目
( 1 ) 长非编码 RNA 数据库及应用软件平台的构建, 主持, 国家级, 2014-01--2016-12
( 2 ) 基于多组学数据整合的肿瘤相关长非编码 RNA 优化筛选和调控机, 主持, 国家级, 2015-01--2018-12
( 3 ) 人类-线虫超保守长非编码 RNA 的系统发现及其在线虫发育调控, 主持, 国家级, 2015-01--2017-12
( 4 ) 滇重楼功能基因组应用研究, 主持, 省级, 2016-01--2020-12
( 5 ) 小桐子花发育相关非编码RNA (miRNA/lncRNA) 的系统发现及功能和机制研究, 主持, 国家级, 2020-01--2023-12
( 6 ) 陕西秦岭地区特色中药材植物功能基因组研究, 主持, 国家级, 2021-01--2024-12
( 7 ) 牧草基因组编辑数据库搭建, 主持, 部委级, 2020-11--2025-10
参与会议
(1)Comparative chloroplast genomes of Paris Sect. Marmorata: insights into repeat regions and evolution implications   第29届国际基因组信息大会   2018-12-01
(2)CRlncRNA: a manually curated database of cancer-related long non-coding RNAs with experimental proof of functions on clinicopathological and molecular features   第29届国际基因组信息大会   2018-12-01
(3)CRlncRC: a novel machine learning method for cancer-related long noncoding RNA identification based on integrated features   第29届国际基因组信息大会   2018-12-01
(4)Comprehensive analysis of coding-lncRNA gene co-expression network uncovers conserved functional lncRNAs in zebrafish   第16届亚太生物信息学国际会议   2018-01-01
(5)Exploring Hierarchical and Overlapping Modular Structure in the Yeast Protein Interaction Network   第9届国际生物信息学大会   2010-10-10

指导学生

已指导学生

王培培  硕士研究生  085238-生物工程  

张頔  硕士研究生  071001-植物学  

李月颖  硕士研究生  085238-生物工程  

李靖  博士研究生  071001-植物学  

桑世叶  硕士研究生  071001-植物学  

李岸林  硕士研究生  085238-生物工程  

任强  硕士研究生  085238-生物工程  

张国强  硕士研究生  071001-植物学  

现指导学生

张轩  博士研究生  071001-植物学  

杨文静  博士研究生  071001-植物学  

王杰  硕士研究生  071001-植物学  

蒋晓可  硕士研究生  085238-生物工程  

刘嘉智  硕士研究生  086000-生物与医药  

李雁  硕士研究生  071001-植物学  

杨子添  硕士研究生  086000-生物与医药