100706-药理学

计算机辅助药物设计，大数据医疗
癌症基因组特征与临床特征关联，药物筛选

2005-09--2010-06   中国农业大学理学院   理学博士
2001-09--2005-06   山东大学数学与系统科学学院   理学学士

   

2022-12~现在, 中国科学院昆明植物研究所, 研究员
2013-12~2014-12,美国维克尔森林医学院, 博士后
2013-10~2022-11,中国科学院西北高原生物研究所, 副研究员
2013-06~2013-12,美国国立卫生院癌症研究中心, 访问学者
2013-01~2013-06,美国堪萨斯大学, 访问学者
2010-07~2013-10,中国科学院西北高原生物研究所, 助理研究员

   

[1] 陈纪军, 董伟, 李天泽, 马云保, 马文静, 李凤娇, 王永翠, 何小凤, 耿长安, 张雪梅. 中甸艾内酯B1-B17及其药物组合物和其制备方法与应用. CN: CN116478185A, 2023-07-25.
[2] 王永翠, 王勇. 一种药物的长非编码RNA靶点预测方法和系统. CN: CN107038350B, 2020-06-05.

   

[1] npj Systems Biology and Applications. 2024, 第 1 作者
[2] TianZe Li, XiaoTong Yang, WenJing Ma, YunBao Ma, FengJiao Li, YongCui Wang, JiJun Chen. Design, Synthesis, and Biological Evaluation of Artemyrianolide H Derivatives as Potential Antihepatoma Agents. BIOORGANIC CHEMISTRY[J]. 2023, 第 6 作者137: 106617, http://dx.doi.org/10.1016/j.bioorg.2023.106617.
[3] 张竣, 袁锐, 陈世龙, 王永翠. 基于核方法的协同药物组合预测方法. 中国科学. 生命科学[J]. 2023, 第 4 作者  通讯作者  53(11): 1663-1672, http://sciencechina.cn/gw.jsp?action=detail.jsp&internal_id=7623597&detailType=1.
[4] Sun, Hailiang, Wang, Yongcui, Liu, Hanlin, Pang, Zifeng, Cui, Xinxin, Zhao, Rui, Liu, Yanwei, Qu, Xiaoyun, Huang, Mian, Ke, Changwen, Liao, Ming. The genetic diversity, replication, and transmission of 2009 pandemic H1N1 viruses in China. FRONTIERS IN MICROBIOLOGY[J]. 2023, 第 2 作者14: http://dx.doi.org/10.3389/fmicb.2023.1110100.
[5] 刘菲, 袁锐, 陈世龙, 王永翠. TCGA数据库四种消化系统癌症分子特征的比较. 中国免疫学杂志[J]. 2022, 第 4 作者  通讯作者  
[6] Yuan, Ling, Chen, Shilong, Wang, Yongcui, Ma, Yingcai. The molecular characteristics of gastric cancer patients living in Qinghai-Tibetan Plateau. BMC GASTROENTEROLOGY[J]. 2022, 第 3 作者  通讯作者  22(1): http://dx.doi.org/10.1186/s12876-022-02324-8.
[7] Yuan, Rui, Chen, Shilong, Wang, Yongcui. Computational Probing the Methylation Sites Related to EGFR Inhibitor-Responsive Genes. BIOMOLECULES[J]. 2021, 第 3 作者  通讯作者  11(7): http://dx.doi.org/10.3390/biom11071042.
[8] Wang, Yongcui, Yang, Yingxi, Chen, Shilong, Wang, Jiguang. DeepDRK: a deep learning framework for drug repurposing through kernel-based multi-omics integration. BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS[J]. 2021, 第 1 作者22(5): http://dx.doi.org/10.1093/bib/bbab048.
[9] Rong, Guanghong, Zhang, Yongxia, Ma, Yingcai, Chen, Shilong, Wang, Yongcui. The Clinical and Molecular Characterization of Gastric Cancer Patients in Qinghai-Tibetan Plateau. FRONTIERS IN ONCOLOGY[J]. 2020, 第 5 作者  通讯作者  10: https://doaj.org/article/89adea95782b4dcc903f44d98fc4461a.
[10] Yongcui Wang, Shilong Chen, Luonan Chen, Yong Wang. Associating lncRNAs with small molecules via bilevel optimization reveals cancer-related lncRNAs.. PLOS COMPUTATIONAL BIOLOGY[J]. 2019, 第 1 作者15(12): 20, https://doaj.org/article/1461851043d442ddb87d5cc08fdf0c07.
[11] Xu, Yungang, Wang, Yongcui, Luo, Jiesi, Zhao, Weiling, Zhou, Xiaobo. Deep learning of the splicing (epi) genetic code reveals a novel candidate mechanism linking histone modifications to ESC fate decision. NUCLEIC ACIDS RESEARCH[J]. 2017, 第 2 作者45(21): 12100-12112, http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkx870.
[12] Wang, YongCui, Chen, ShiLong, Deng, NaiYang, Wang, Yong. Computational probing protein-protein interactions targeting small molecules. BIOINFORMATICS[J]. 2016, 第 1 作者32(2): 226-234, http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btv528.
[13] Wang, YongCui, Chen, ShiLong, Deng, NaiYang, Wang, Yong. Network predicting drug's anatomical therapeutic chemical code. BIOINFORMATICS[J]. 2013, 第 1 作者29(10): 1317-1324, http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btt158.

   

（ 1 ） 药物基因组学数据的整合和深度学习模型与算法研究, 负责人, 国家任务, 2017-01--2020-12
（ 2 ） 基于深度学习网络预测癌细胞对药物敏感度的计算模型和算法研究, 负责人, 地方任务, 2016-01--2018-12
（ 3 ） 基于最优化方法预测长非编码RNA调控基因和其致癌机制的计算模型和算法研究, 负责人, 其他任务, 2020-01--2021-12
（ 4 ） 基于单细胞转录组数据重定位阿尔兹海默症药物, 负责人, 其他任务, 2022-05--2023-08
（ 5 ） 三江源国家公园澜沧江园区植物多样性调查, 负责人, 其他任务, 2022-01--2023-12
（ 6 ） 基于天然产物的抗肝癌与肝纤维化药物研发, 负责人, 中国科学院计划, 2022-12--2027-11

已指导学生

袁锐  硕士研究生  071002-动物学  

刘菲  硕士研究生  071002-动物学  

现指导学生

张竣  硕士研究生  071001-植物学  

陈荣连  硕士研究生  071001-植物学