秦文健博士，博士生导师，中国科学院深圳先进技术研究院研究员，深港肿瘤图像智能计算分析联合实验室、SIAT-UAEU(阿联酋大学)智能计算联合实验室主任，国家重点研发（青年）项目首席，入选中国科学院特聘研究技术攻坚岗、广东省特支计划青年拔尖人才、中国科学院青年促进会会员和鹏程孔雀计划特聘高层次人才。博士毕业于中国科学院大学，美国斯坦福大学博士联合培养。团队致力于多模态肿瘤图像计算成像与智能分析，研发图像重建、分割、建模和可视化等方面核心技术。创新性提出了知识驱动的跨尺度肿瘤图像理解新理论和方法，突破现有图像信息计算技术在跨尺度肿瘤生物和空间特性理解、解析方面的局限。作为负责人先后主持国家重点研发（青年）项目、国家重点研发课题、国家自然科学面上/青年基金、广东省重点领域研发、深圳市基础面上/重点和企业横向项目20余项，在IEEE TIP/TMI/JBHI, MedIA, Cell Biomaterials, npj Digital Medicine, AAAI, MICCAI等本领域权威期刊/会议已发表 SCI/EI 检索论文 100多篇，授权国家发明专利50项，软件著作权 5 项。研发成果获得 4 项医疗器械注册证和5项企业横向合作，并成功应用于肿瘤手术、放疗和免疫治疗的临床研究中，16项医学图像计算技术专利产品成功转移。获得1项国家教学成果奖二等奖、1项吴文俊人工智能技术发明二等奖、1项省科技进步一等奖和1项省科技进步二等奖。

    学术兼职中国科学院青年创新促进会信息与管理分会副会长，中国医院协会模拟医学专业委员会副主任委员，中国生物医学工程学会数字医学及医疗信息化分会委员，广东省生物医学工程学会智能介入医学分会常务委员。担任The Innovation Informatics创刊执行主编，The Innovation，iLiver青年编委，也是IEEE TIP/TMI/JBHI/UFFC/TGRS, Lancet Digital Health, American Journal of Pathology，Physics in Medicine and Biology, MICCAI等国际权威顶级期刊和学术会议的审稿人。作为发起人率先在全球牵头组织了“肿瘤计算建模与分析”国际研讨会（CMMCA2022-2026）。还担任MICCAI2019、IEEE-ICMIPE2019等国际学术会议执行组织负责人，与香港理工大学、阿联酋大学等一流科研单位共建国际联合实验室。详细信息可访问实验室网站：www.qin-mixlab.cn/

   

083100-生物医学工程
081104-模式识别与智能系统
085400-电子信息

多模态医学影像智能分析
智能计算成像
医学物理

2016-09--2017-09   斯坦福大学   联合培养博士生
2015-09--2019-07   中国科学院大学   博士研究生
2009-09--2012-07   中国科学院大学   硕士研究生
2005-09--2009-07   沈阳航空航天大学   本科

   

2024-01~现在, 中国科学院深圳先进技术研究院, 研究员
2018-11~2023-12,中国科学院深圳先进技术研究院, 高级工程师
2013-11~2018-11,中国科学院深圳先进技术研究院, 工程师
2012-06~2013-11,中国科学院深圳先进技术研究院, 助理工程师

2024-11-01-2028-11-01,中国医院协会模拟医学专业委员会, 副主任委员
2023-12-31-2027-12-30,中国生物医学工程学会数字医疗及医疗信息化分会委员, 委员
2023-04-01-今,中国科学院青年创新促进会, 副会长

医学图像分析

（1） USIGAN: Unbalanced Self-Information Feature Transport for Weakly Paired Image IHC Virtual Staining, IEEE Transactions on Image Processing, 2026, 第 8 作者  通讯作者
（2） PGVMS: A Prompt-Guided Unified Framework for Virtual Multiplex IHC Staining with Pathological Semantic Learning, IEEE Transactions on Medical Imaging, 2026, 第 9 作者  通讯作者
（3） Multimodal deep learning for cancer prognosis prediction with clinical information prompts integration, npj Digital Medicine, 2026, 第 5 作者  通讯作者
（4） SynMSE: A multimodal similarity evaluator for complex distribution discrepancy in unsupervised deformable multimodal medical image registration, Medical Image Analysis, 2025, 第 7 作者  通讯作者
（5） Guest Editorial Computational Mathematics Modeling in Cancer Analysis, IEEE Journal of Biomedical and Health Informatics, 2024, 第 1 作者
（6） Self-supervised multi-magnification feature enhancement for segmentation of hepatocellular carcinoma region in pathological images, Engineering Applications of Artificial Intelligence, 2024, 
（7） Multi-scale feature fusion for prediction of IDH1 mutations in glioma histopathological images, Computer Methods and Programs in Biomedicine, 2024, 
（8） Global contextual representation via graph-transformer fusion for hepatocellular carcinoma prognosis in whole-slide images, Computerized Medical Imaging and Graphics, 2024, 
（9） Deep Multi-Magnification Similarity Learning for Histopathological Image Classification, IEEE Journal of Biomedical and Health Informatics, 2024, 
（10） Fast physic-informed mixer architecture for color Lensfree holographic reconstruction, OPTICS AND LASERS IN ENGINEERING, 2024, 第 11 作者
（11） ARR-GCN:Anatomy-Relation Reasoning Graph Convolutional Network for Automatic Fine-grained Segmentation of Organ's Surgical Anatomy, IEEE Journal of Biomedical Health Informatics, 2023, 
（12） Dose prediction via distance-guided deep learning: Initial development for nasopharyngeal carcinoma radiotherapy, RADIOTHERAPY AND ONCOLOGY, 2022, 第 11 作者
（13） Class center attention network with spatial adaption for enhancing hepatic segments classification with low-visibility vascular, DISPLAYS, 2022, 第 11 作者
（14） Automatic Computer-Aided Histopathologic Segmentation for Nasopharyngeal Carcinoma Using Transformer Framework, International Workshop on Computational Mathematics Modeling in Cancer Analysis, 2022, 第 1 作者
（15） MRI-guided Automated Delineation of Gross Tumor Volume for Nasopharyngeal Carcinoma using Deep Learning, 2022 IEEE 35th International Symposium on Computer-Based Medical Systems (CBMS), 2022, 第 1 作者
（16） Tubular Structure-Aware Convolutional Neural Networks for Organ at Risks Segmentation in Cervical Cancer Radiotherapy, International Workshop on Computational Mathematics Modeling in Cancer Analysis, 2022, 第 1 作者
（17） Weakly Supervised Framework for Cancer Region Detection of Hepatocellular Carcinoma in Whole-Slide Pathologic Images Based on Multiscale Attention Convolutional Neural Network, AMERICAN JOURNAL OF PATHOLOGY, 2022, 第 11 作者
（18） Integrative Histology-Genomic Analysis Predicts Hepatocellular Carcinoma Prognosis Using Deep Learning, GENES, 2022, 第 11 作者
（19） Self-supervised CT super-resolution with hybrid model, COMPUTERS IN BIOLOGY AND MEDICINE, 2021, 第 3 作者
（20） Assessment of breast arteries and lymph nodes by 3D MR angiography enhancement imaging: feasibility and pilot clinical results, BMC MEDICAL IMAGING, 2021, 第 11 作者
（21） Artificial intelligence in image-guided radiotherapy: a review of treatment target localization, QUANTITATIVE IMAGING IN MEDICINE AND SURGERY, 2021, 第 4 作者
（22） Wide-Field Pixel Super-Resolution Colour Lensfree Microscope for Digital Pathology, FRONTIERS IN ONCOLOGY, 2021, 第 11 作者
（23） Towards real time guide wire shape extraction in fluoroscopic sequences: A two phase deep learning scheme to extract sparse curvilinear structures, COMPUTERIZED MEDICAL IMAGING AND GRAPHICS, 2021, 第 2 作者
（24） Multi-Material Decomposition for Single Energy CT Using Material Sparsity Constraint, IEEE TRANSACTIONS ON MEDICAL IMAGING, 2021, 第 2 作者
（25） Artificial intelligence-based bone-enhanced magnetic resonance image-a computed tomography/magnetic resonance image composite image modality in nasopharyngeal carcinoma radiotherapy, QUANTITATIVE IMAGING IN MEDICINE AND SURGERY, 2021, 第 5 作者
（26） Fully-automated functional region annotation of liver via a 2.5D class-aware deep neural network with spatial adaptation, COMPUTER METHODS AND PROGRAMS IN BIOMEDICINE, 2021, 第 11 作者
（27） Automatic left ventricle segmentation from cardiac magnetic resonance images using a capsule network, JOURNAL OF X-RAY SCIENCE AND TECHNOLOGY, 2020, 第 2 作者
（28） Magnetic resonance image (MRI) synthesis from brain computed tomography (CT) images based on deep learning methods for magnetic resonance (MR)-guided radiotherapy, QUANTITATIVE IMAGING IN MEDICINE AND SURGERY, 2020, 第 3 作者
（29） Computer-Aided Pathologic Diagnosis of Nasopharyngeal Carcinoma Based on Deep Learning, AMERICAN JOURNAL OF PATHOLOGY, 2020, 第 11 作者
（30） Automated segmentation of the left ventricle from MR cine imaging based on deep learning architecture, BIOMEDICAL PHYSICS & ENGINEERING EXPRESS, 2020, 第 1 作者
（31） Densely Connected Neural Network With Unbalanced Discriminant and Category Sensitive Constraints for Polyp Recognition, IEEE TRANSACTIONS ON AUTOMATION SCIENCE AND ENGINEERING, 2020, 第 2 作者
（32） matFR: a MATLAB toolbox for feature ranking, BIOINFORMATICS, 2020, 第 3 作者
（33） Prostate cancer classification with multiparametric MRI transfer learning model, MEDICAL PHYSICS, 2019, 第 2 作者
（34） Robust Beam Hardening Artifacts Reduction for Computed Tomography Using Spectrum Modeling, IEEE TRANSACTIONS ON COMPUTATIONAL IMAGING, 2019, 第 4 作者
（35） 多参数MRI前列腺癌迁移学习分类模型, Medical physics, 2019, 第 1 作者
（36） Shading correction for volumetric CT using deep convolutional neural network and adaptive filter, QUANTITATIVE IMAGING IN MEDICINE AND SURGERY, 2019, 第 5 作者
（37） PROSTATE SEGMENTATION WITH ENCODER -DECODER DENSELY CONNECT CONVOLUTIONAL NETWORK (ED-DENSENET), 2019 IEEE 16TH INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON BIOMEDICAL IMAGING (ISBI 2019), 2019, 第 2 作者
（38） An approach for noninvasive blood glucose monitoring based on bioimpedance difference considering blood volume pulsation, IEEE ACCESS, 2018, 第 5 作者
（39） Investigation on the Neural Mechanism of Hypnosis-Based Respiratory Control Using Functional MRI, CONTRAST MEDIA & MOLECULAR IMAGING, 2018, 第 2 作者
（40） Full-scale reconstruction for transmission line galloping curves based on attitudes sensors, MATHEMATICAL PROBLEMS IN ENGINEERING, 2018, 第 7 作者
（41） Superpixel-based and boundary-sensitive convolutional neural network for automated liver segmentation, PHYSICS IN MEDICINE AND BIOLOGY, 2018, 第 1 作者
（42） Automated breast tumor detection and segmentation with a novel computational framework of whole ultrasound images, MEDICAL & BIOLOGICAL ENGINEERING & COMPUTING, 2018, 第 3 作者
（43） RIIS-DenseNet: Rotation-Invariant and Image Similarity Constrained Densely Connected Convolutional Network for Polyp Detection, MEDICAL IMAGE COMPUTING AND COMPUTER ASSISTED INTERVENTION - MICCAI 2018, PT II, 2018, 第 2 作者
（44） Comparison of Transferred Deep Neural Networks in Ultrasonic Breast Masses Discrimination, BIOMED RESEARCH INTERNATIONAL, 2018, 第 4 作者
（45） 一种改进的投票算法检测细胞核, 中国医学物理学杂志, 2017, 第 4 作者
（46） GPU-accelerated Kernel Regression Reconstruction for Freehand 3D Ultrasound Imaging., ULTRASONIC IMAGING, 2017, 第 4 作者
（47） An Approach to Biometric Verification Based on Human Body Communication in Wearable Devices., SENSORS, 2017, 第 4 作者
（48） Nonlocal Total-variation-based Speckle Filtering for Ultrasound Images, ULTRASONIC IMAGING, 2016, 第 4 作者
（49） 医学图像分割及其发展现状, State-of-the-Art in Medical Image Segmentation, 计算机学报, 2015, 第 2 作者
（50） 基于先验形状信息核图割模型的肝脏分割方法, Liver segmentation method based on kernel graph cuts with shape priors, 计算机工程与设计, 2014, 第 3 作者
（51） An accurate and effective FMM-based approach for freehand 3D ultrasound reconstruction, BIOMEDICAL SIGNAL PROCESSING AND CONTROL, 2013, 第 3 作者
（52） A shape-optimized framework for kidney segmentation in ultrasound images using NLTV denoising and DRLSE, BIOMEDICAL ENGINEERING ONLINE, 2012, 第 2 作者
（53） 基于光线投影法的快速医学超声图像仿真技术研究, 2012, 第 1 作者
（54） 3维建模中视频图像与磁跟踪器的多模态标定在微创手术中的应用, Multiple-modality Calibration of Video and Magnetic Tracker Data for 3D Appearance and Structure Modeling in Minimally Invasive Surgery, 中国图象图形学报, 2010, 第 1 作者

项目合作临床医院：

山东省立医院，山东省肿瘤医院，中国医科大学附属第一医院，辽宁省肿瘤医院，中山大学附属肿瘤医院，广东省中医院，中国医科院肿瘤医院深圳医院，广州市第一人民医院，北京大学深圳医院，深圳大学附属总医院，深圳市第三人民医院，南方医科大学中西医结合医院，重庆大学附属第一医院

已指导学生

齐恒  硕士研究生  085211-计算机技术  

张旺  硕士研究生  085400-电子信息  

赖清佩  硕士研究生  085409-生物医学工程  

曾伟斌  硕士研究生  085400-电子信息  

欧阳效芸  硕士研究生  085210-控制工程  

唐璐妤  硕士研究生  083100-生物医学工程  

郑博匀  硕士研究生  085404-计算机技术  

刘琳  硕士研究生  085404-计算机技术  

刁颂辉  博士研究生  081104-模式识别与智能系统  

叶欣婷  硕士研究生  085404-计算机技术  

赵汉卿  硕士研究生  085404-计算机技术  

侯嘉馨  硕士研究生  083100-生物医学工程  

秦丽雪  硕士研究生  085404-计算机技术  

谭述东  硕士研究生  085404-计算机技术  

范博坤  硕士研究生  085404-计算机技术  

陈鑫  硕士研究生  085404-计算机技术  

乐美琰  硕士研究生  085210-控制工程  

刘祥  硕士研究生  085404-计算机技术  

张宇鑫  硕士研究生  085404-计算机技术  

现指导学生

彭月  博士研究生  081104-模式识别与智能系统  

侯嘉馨  博士研究生  081104-模式识别与智能系统  

朱静珂  硕士研究生  083100-生物医学工程  

熊兵  硕士研究生  085404-计算机技术  

宋志臻  硕士研究生  085404-计算机技术  

赵祥宇  硕士研究生  083100-生物医学工程