具体研究方向包括基因测序仪及相关技术开发，单细胞测序技术，时空组测序技术（stereo-seq）以及测序技术在疾病和农业上的转化应用研究。

招生专业

0710Z1-基因组学

0710J3 生物信息学

招生方向

基因组合成与设计

合成基因组多组学分析

2007-09--2015-06   中科院昆明动物研究所   博士研究生学位
2003-09--2007-06   武汉大学   大学本科学士学位

2008-09~现在, 深圳华大生命科学研究院, 院长

2019-01~现在, 深圳华大生命科学研究院, 院长
2015-10~2018-12,深圳华大生命科学研究院/深圳国家基因库, 院长/执行主任
2014-01~2015-09,深圳华大基因研究院, 执行院长
2011-01~2013-12,深圳华大基因研究院, 副院长
2008-09~2010-12,深圳华大基因研究院, 信息特种兵团植物方向负责人及研发体系第二负责人

2025-01-09-今,基因组多维解析技术全国重点实验室, 实验室主任
2024-11-23-2029-11-22,广东省遗传学会第十一届理事会, 副理事长
2023-11-01-2028-11-01,中国遗传学会第十一届理事会, 常务理事
2021-05-17-2026-05-16,中国人民政治协商会议第七届深圳市委员会, 委员
2021-05-17-2024-05-16,南开大学兼职教授,
2020-09-08-2025-09-07,全国生物样本标准化技术委员会, 委员
2019-08-31-2022-09-30,华南农业大学兼职教授,
2019-08-31-今,郑州大学硕士生导师,
2018-08-31-今,中国科学院大学未来技术学院博士生导师,
2018-04-30-2024-05-01,ISBER（国际生物及环境样本库协会）中国区主席,
2018-04-29-2023-12-31,ISO/TC276 (国际标准化组织生物技术委员会)副主席,
2017-08-31-今,国际海洋基因组学联盟主席,
2015-07-31-2025-10-31,中国医药生物技术协会精准医疗分会委员,
2012-09-06-今,武汉大学生命科学学院兼职教授,

（1） 杰出工程师青年奖, , 国家级, 2024
（2） 深圳市科学技术奖, 一等奖, 省级, 2023
（3） 广东“最美科技工作者”, 省级, 2022
（4） 第十四届谈家桢生命科学产业化奖, 国家级, 2022
（5） 产学研合作创新成果奖, 二等奖, 其他, 2021
（6） 国家百千万人才工程“有突出贡献中青年专家”, 部委级, 2020
（7） 云南省自然科学奖-水稻适应进化的基因组变异机制研究, 二等奖, 省级, 2018
（8） 教育部自然科学奖-寻找作物改良的功能基因, 二等奖, 部委级, 2017
（9） 广东省科学技术奖-泌尿系统恶性肿瘤的基因组学研究, 一等奖, 部委级, 2016
（10） 深圳市青年科技奖, 市地级, 2016
（11） 深圳市“鹏城杰出人才”奖, , 市地级, 2015
（12） 科技部大挑战青年科学家, , 其他, 2015

   

（ 1 ） 高分辨率时空组学技术（项目：高精度全景转录组深度解析技术）, 负责人, 国家任务, 2022-11--2027-10
（ 2 ） 深圳合成生物学创新研究院专项项目-高通量DNA合成仪研发（2022年）, 负责人, 地方任务, 2022-11--2023-10

（1）High-throughput Nanopore-based Peptide Sensing System   2025-01-23
（2）Big Data Research Based on Single Cell Spatial Multi-omics   2024-12-02
（3）STOC 2024 Opening Remarks: Spatio-temporal Omics and STOC   2024-07-08
（4）STOmics Drives a New Era in Plant Research   2024-06-03
（5）Stereo-Omics technology and application   2023-11-20
（6）Stereo-Omics technology and application   2023-11-02
（7）Large field-of-view, high-resolution spatially resolved transcriptomics using DNA nanoball patterned arrays   时空组学联盟研讨会   2022-05-05
（8）基因组大数据改变健康格局   第二十一届高交会-中国高新技术论坛   2019-11-13
（9）Cutting-edge BGI technologies enable single cell analysis and fully phased genomes    澳大利亚基因组技术协会第 19 届年会   2019-10-07
（10）标准化变革助力生命健康产业   第二十一届中国国际工业博览会科技论坛   2019-09-25
（11）基因大数据与精准医学应用   2019中国整合生物样本学大会暨第六届中国生物样本库院长高峰论坛   2019-03-29
（12）国库“存•读•写”平台助力精准医学大数据挖掘与应用   2018年中国生物样本库国际研讨会暨生命数据智能化论坛   2018-11-29
（13）Big data in plant Genomics   亚洲动植物基因组会议   2018-05-30
（14）Digital Lives for All Biobanks    国际生物及环境样本库协会2018年年会   2018-05-20
（15）Digital Lives for Better Earth   第一届亚洲演化生物学大会   2018-04-17
（16）植物基因组大数据与未来精准农业   第十九届国际植物学大会   2017-07-23
（17）CNGB-BGI Introduction of Biodiversity Resources   全球基因组生物多样性联盟亚洲研讨会   2017-07-22
（18）Gene Banking and Precision Medicine   2017世界低温生物科技与生命资源库大会   2017-07-20
（19）Genome Reading and Writing in China National GeneBank    第七届国际合成生物学大会   2017-06-13
（20）Diverse Evolutionary Dynamics in tumor and early neurodevelopment inferred by single cell sequencing   冷泉港亚洲单细胞基因组学前沿会议   2016-11-07

已指导学生

殷瑞莲  博士研究生  0710Z1-基因组学  

吕同轩  硕士研究生  086000-生物与医药  

现指导学生

张辉  博士研究生  0710Z1-基因组学  

郑宇辉  博士研究生  071007-遗传学  

刘宇倩  博士研究生  0710Z1-基因组学  

彭佳翼  博士研究生  0710Z1-基因组学  

荆泽华  博士研究生  0710Z1-基因组学  

涂桢铖  博士研究生  0710Z1-基因组学  

谢月  博士研究生  0710Z1-基因组学  

郭强  博士研究生  0710Z1-基因组学  

朱博琳  博士研究生  0710Z1-基因组学  

靳卜凡  硕士研究生  0710J3-生物信息学  

杨博林  硕士研究生  086000-生物与医药  

庞江栓  博士研究生  081203-计算机应用技术  

张家伟  博士研究生  081203-计算机应用技术  

庄夏列  博士研究生  081203-计算机应用技术  

刘尚书  硕士研究生  0710Z1-基因组学  

周涛  博士研究生  0710Z1-基因组学  

冯天楠  博士研究生  0710Z1-基因组学  

（1） An Arabidopsis single-nucleus atlas decodes leaf senescence and nutrient allocation, Cell, 2025, 最后通讯 

（2） The amphipod genome reveals population dynamics and adaptations to hadal environment, Cell, 2025, 通讯作者 

（3） Microbial ecosystems and ecological driving forces in the deepest ocean sediments, Cell, 2025, 通讯作者 

（4） Spatiotemporal omics for biology and medicine, Cell, 2024, 最后通讯 

（5） Spatiotemporal modeling of molecular holograms, Cell, 2024, 通讯作者 

（6） The 1% gift to humanity: The Human Genome Project II, Cell Research, 2024, 最后通讯 

（7） A spatiotemporal atlas of mouse liver homeostasis and regeneration, Nature genetics, 2024, 通讯作者 

（8） A spatiotemporal atlas of mouse liver homeostasis and regeneration, Nature genetics, 2024, 通讯作者 

（9） Multimodal cell atlas of the ageing human skeletal muscle, Nature, 2024, 通讯作者 

（10） Single-cell spatial transcriptome reveals cell-type organization in the macaque cortex, Cell, 2023, 通讯作者

（11） Chromosome-level genomes of three key Allium crops and their trait evolution, Nature genetics, 2023, 通讯作者 

（12） A single-cell transcriptomic atlas tracking the neural basis of division of labour in an ant superorganism, NATURE ECOLOGY & EVOLUTION, 2022, 通讯作者 

（13） Rolling back of human pluripotent stem cells to an 8-cell embryo-like stage, Nature, 2022, 通讯作者 

（14） Spatiotemporal transcriptomic atlas of mouse organogenesis using DNA nanoball-patterned arrays, CELL, 2022, 通讯作者 

（15） Single-cell Stereo-seq reveals induced progenitor cells involved in axolotl brain regeneration, Science, 2022, 通讯作者 

（16） Characterization of respiratory microbial dysbiosis in hospitalized COVID-19 patients, CELL DISCOVERY, 2021, 通讯作者 

（17） CNGBdb：国家基因库生命大数据平台, CNGBdb: China National GeneBank DataBase, 遗传, 2020 

（18） DNB-based on-chip motif finding: A high-throughput method to profile different types of protein-DNA interactions, SCIENCE ADVANCES, 2020, 通讯作者 

（19） 基因密码子拓展技术的方法原理和前沿应用研究进展, Progress in the study of genetic code expansion related methods,principles and applications, 合成生物学, 2020, 通讯作者 

（20） Dynamic cell transition and immune response landscapes of axolotl limb regeneration revealed by single-cell analysis, Protein & Cell, 2020, 通讯作者 

（21） 标准化变革助力生命健康产业（续）, 质量与标准化, 2020, 第 1 作者 

（22） Resequencing 545 ginkgo genomes across the world reveals the evolutionary history of the living fossil, NATURE COMMUNICATIONS, 2019, 通讯作者 

（23） 大规模无创产前检测的基因组分析揭示了多个性状的遗传关联、病毒的感染模式以及中国人群的遗传历史, Genomic Analyses from Non-invasive Prenatal Testing Reveal Genetic Associations, Patterns of Viral Infections, and Chinese Population History, 科学新闻, 2019

（24） 1,520 reference genomes from cultivated human gut bacteria enable functional microbiome analyses, NATURE BIOTECHNOLOGY, 2019

（25） Impact of early events and lifestyle on the gut microbiota and metabolic phenotypes in young school-age children, MICROBIOME, 2019

（26） Characterization and validation of somatic mutation spectrum to reveal heterogeneity in gastric cancer by single cell sequencing, Science Bulletin, 2019

（27） Sequencing of the MHC region defines HLA-DQA1 as the major genetic risk for seropositive rheumatoid arthritis in Han Chinese population, ANNALS OF THE RHEUMATIC DISEASES, 2019, 通讯作者 

（28） Resequencing of 429 chickpea accessions from 45 countries provides insights into genome diversity, domestication and agronomic traits, NATURE GENETICS, 2019, 通讯作者 

（29） Genomic Sequencing and Editing Revealed the GRM8 Signaling Pathway as Potential Therapeutic Targets of Squamous Cell Lung Cancer, JOURNAL OF THORACIC ONCOLOGY, 2018

（30） 10KP: A phylodiverse genome sequencing plan, GIGASCIENCE, 2018, 通讯作者 

（31） Genome-wide determination of on-target and off-target characteristics for RNA-guided DNA methylation by dCas9 methyltransferases, GIGASCIENCE, 2018, 通讯作者 

（32） Ma et al. reply., Nature., 2018, 第 1 作者 

（33） Genomic Analyses from Non-invasive Prenatal Testing Reveal Genetic Associations, Patterns of Viral Infections, and Chinese Population History, CELL, 2018, 通讯作者 

（34） Bph6 encodes an exocyst- localized protein and confers broad resistance to planthoppers in rice, NATURE GENETICS, 2018

（35） Deep whole-genome sequencing of 90 Han Chinese genomes, GIGASCIENCE, 2017

（36） A novel Enterovirus 96 circulating in China causes hand, foot, and mouth disease, VIRUS GENES, 2017, 通讯作者 

（37） Deep functional analysis of synII, a 770-kilobase synthetic yeast chromosome, SCIENCE, 2017

（38） RED-ML: a novel, effective RNA editing detection method based on machine learning, GIGASCIENCE, 2017,  通讯作者 

（39） Genome assembly with in vitro proximity ligation data and whole-genome triplication in lettuce, NATURE COMMUNICATIONS, 2017

（40） Isolation and phylogenetic study of Rift Valley fever virus from the first imported case to China, Isolation and phylogenetic study of Rift Valley fever virus from the first imported case to China, Virologica Sinica, 2017, 通讯作者 

（41） Pearl millet genome sequence provides a resource to improve agronomic traits in arid environments, NATURE BIOTECHNOLOGY, 2017

（42） Gut microbiome and serum metabolome alterations in obesity and after weight-loss intervention, NATURE MEDICINE, 2017

（43） Recent breeding programs enhanced genetic diversity in both desi and kabuli varieties of chickpea (Cicer arietinum L.), SCIENTIFIC REPORTS, 2016, 通讯作者 

（44） First report of human salivirus/klassevirus in respiratory specimens of a child with fatal adenovirus infection, VIRUS GENES, 2016, 通讯作者 

（45） Integrated metabolomics and metagenomics analysis of plasma and urine identified microbial metabolites associated with coronary heart disease, SCIENTIFIC REPORTS, 2016, 通讯作者 

（46） Multiple IgH Isotypes Including IgD, Subclasses of IgM, and IgY Are Expressed in the Common Ancestors of Modern Birds, JOURNAL OF IMMUNOLOGY, 2016, 通讯作者 

（47） Genome-wide characteristics of de novo mutations in autism, NPJ GENOMIC MEDICINE, 2016 

（48） The Sinocyclocheilus cavefish genome provides insights into cave adaptation, BMC BIOLOGY, 2016 

（49） cPAS-based sequencing on the BGISEQ-500 to explore small non-coding RNAs, CLINICAL EPIGENETICS, 2016, 通讯作者 

（50） Comparison of variations detection between whole-genome amplification methods used in single-cell resequencing, GIGASCIENCE, 2015, 通讯作者 

（51） Genome-wide profiling of HPV integration in cervical cancer identifies clustered genomic hot spots and a potential microhomology-mediated integration mechanism, NATURE GENETICS, 2015

（52） Full-length single-cell RNA-seq applied to a viral human cancer: applications to HPV expression and splicing analysis in HeLa S3 cells, GIGASCIENCE, 2015

（53） Identification of a novel salt tolerance gene in wild soybean by whole-genome sequencing, NATURE COMMUNICATIONS, 2014, 通讯作者 

（54） The sheep genome illuminates biology of the rumen and lipid metabolism, SCIENCE, 2014

（55） Sequencing and automated whole-genome optical mapping of the genome of a domestic goat (Capra hircus), NATURE BIOTECHNOLOGY, 2013

（56） Single-Cell Exome Sequencing Reveals Single-Nucleotide Mutation Characteristics of a Kidney Tumor, CELL, 2012, 第 1 作者 

（57） Comparative population genomics of maize domestication and improvement, NATURE GENETICS, 2012, 第 2 作者 

（58） Resequencing 50 accessions of cultivated and wild rice yields markers for identifying agronomically important genes, NATURE BIOTECHNOLOGY, 2012, 第 1 作者 

（59） Genome sequence and analysis of the tuber crop potato, NATURE, 2011, 第 1 作者 

（60） The Genomic Sequence of the Chinese Hamster Ovary (CHO) K1 cell line, NATURE BIOTECHNOLOGY, 2011, 第 1 作者 

（61） Resequencing of 31 wild and cultivated soybean genomes identifies patterns of genetic diversity and selection, NATURE GENETICS, 2010, 第 2 作者 

（62） Genome-wide patterns of genetic variation among elite maize inbred lines, NATURE GENETICS, 2010, 第 3 作者