基本信息

赵永兵 男 博导 中国科学院广州生物医药与健康研究院
电子邮件: zhao_yongbing@gibh.ac.cn
通信地址: 广州市黄埔区开源大道190号
邮政编码: 510530
个人网站: https://www.zhaopage.com
研究领域
课题组主要研究数字细胞大模型,以及细胞命运决定过程中的基因转录调控规则和机制。具体研究内容包括:
1)构建多组学深度学习大模型、开发组学数据分析方法;
2)解析基因组调控元件的序列特征、启动子与增强子间的相互作用规则、转录因子间合作规则,及它们对基因转录的影响;
3)探索细胞特异性调控网络及其在细胞发育、分化和疾病发生中的作用机制。
为实现这些研究内容,课题组将采用多学科的方法和技术,包括深度学习、生物信息学、基因组学、CRISPR基因编辑、高通量筛选、以及各种测序技术(如STARR-Seq、Hi-C、ATAC-Seq、ChIP-Seq、RNA-Seq等)。
招生信息
欢迎有生物学、计算机、数学、深度学习等背景的同学加入我们团队。
招生专业
071010-生物化学与分子生物学071009-细胞生物学
招生方向
生物信息学与多组学数据整合分析基因转录调控
教育背景
2009-08--2014-07 中国科学院大学(中国科学院北京基因组研究所) 博士2005-09--2009-06 华中科技大学 本科
工作经历
工作简历
2023-10~现在, 中国科学院广州生物医药与健康研究院, 研究员2022-01~2023-10,美国国立卫生研究院(NIH), Research Fellow2017-02~2022-01,美国国立卫生研究院(NIH), Postdoctoral Fellow2014-10~2017-02,美国梅奥医学中心(Mayo Clinic), Research Fellow
出版信息
发表论文
[1] NUCLEIC ACIDS RESEARCH. 2024, 第 1 作者[2] Zhao, Yongbing. TFSyntax: a database of transcription factors binding syntax in mammalian genomes. NUCLEIC ACIDS RESEARCH[J]. 2023, 第 1 作者 通讯作者 51(D1): D306-D314, http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkac849.[3] Yongbing Zhao, Jinfeng Shao, Yan W Asmann. Assessment and Optimization of Explainable Machine Learning Models Applied to Transcriptomic Data. GENOMICS, PROTEOMICS & BIOINFORMATICS[J]. 2022, 第 1 作者 通讯作者 20(5): 899-911, [4] Zhao, Yongbing, Vartak, Supriya V, Conte, Andrea, Wang, Xiang, Garcia, David A, Stevens, Evan, Jung, Seol Kyoung, KiefferKwon, KyongRim, Vian, Laura, Stodola, Timothy, Moris, Francisco, Chopp, Laura, Preite, Silvia, Schwartzberg, Pamela L, Kulinski, Joseph M, Olivera, Ana, Harly, Christelle, Bhandoola, Avinash, Heuston, Elisabeth F, Bodine, David M, Urrutia, Raul, Upadhyaya, Arpita, Weirauch, Matthew T, Hager, Gordon, Casellas, Rafael. "Stripe"transcription factors provide accessibility to co-binding partners in mammalian genomes. MOLECULAR CELL[J]. 2022, 第 1 作者 通讯作者 82(18): 3398-+, [5] Zhao, Yongbing, Wang, Jinyue, Liang, Fang, Liu, Yanxia, Wang, Qi, Zhang, Hao, Jiang, Meiye, Zhang, Zhewen, Zhao, Wenming, Bao, Yiming, Zhang, Zhang, Wu, Jiayan, Asmann, Yan W, Li, Rujiao, Xiao, Jingfa. NucMap: a database of genome-wide nucleosome positioning map across species. NUCLEIC ACIDS RESEARCH[J]. 2019, 第 1 作者47(D1): D163-D169, [6] Zhao, Yongbing, Sun, Chen, Zhao, Dongyu, Zhang, Yadong, You, Yang, Jia, Xinmiao, Yang, Junhui, Wang, Lingping, Wang, Jinyue, Fu, Haohuan, Kang, Yu, Chen, Fei, Yu, Jun, Wu, Jiayan, Xiao, Jingfa. PGAP-X: extension on pan-genome analysis pipeline. BMC Genomics[J]. 2018, 第 1 作者19(S1): https://doaj.org/article/778dfe46a6174e30abed0aee35dafbc8.[7] Zhang, Gaihua, Zhao, Yongbing, Liu, Yi, Kao, LiPin, Wang, Xiao, Skerry, Benjamin, Li, Zhaoyu. FOXA1 defines cancer cell specificity. SCIENCE ADVANCES[J]. 2016, 第 2 作者2(3): [8] Liu, Yi, Zhao, Yongbing, Skerry, Benjamin, Wang, Xiao, ColinCassin, Christelle, Radisky, Derek C, Kaestner, Klaus H, Li, Zhaoyu. Foxa1 is Essential for Mammary Duct Formation. GENESIS[J]. 2016, 第 2 作者54(5): 277-285, https://www.doi.org/10.1002/dvg.22929.[9] Zhao, Yongbing, Li, Zhaoyu. Interplay of estrogen receptors and FOXA factors in the liver cancer. MOLECULAR AND CELLULAR ENDOCRINOLOGY. 2015, 第 1 作者418(0 3): 334-339, http://dx.doi.org/10.1016/j.mce.2015.01.043.[10] Zhao, Yongbing, Yin, Jinlong, Guo, Haiyan, Zhang, Yuyu, Xiao, Wen, Sun, Chen, Wu, Jiayan, Qu, Xiaobo, Yu, Jun, Wang, Xumin, Xiao, Jingfa. The complete chloroplast genome provides insight into the evolution and polymorphism of Panax ginseng. FRONTIERS IN PLANT SCIENCE[J]. 2015, 第 1 作者5: https://doaj.org/article/40897713878a43e591df7acdedbb8b99.[11] Zhao, Yongbing, Jia, Xinmiao, Yang, Junhui, Ling, Yunchao, Zhang, Zhang, Yu, Jun, Wu, Jiayan, Xiao, Jingfa. PanGP: A tool for quickly analyzing bacterial pan-genome profile. BIOINFORMATICS[J]. 2014, 第 1 作者30(9): 1297-1299, https://www.webofscience.com/wos/woscc/full-record/WOS:000336095100018.[12] Zhao, Yongbing, Wu, Jiayan, Yang, Junhui, Sun, Shixiang, Xiao, Jingfa, Yu, Jun. PGAP: pan-genomes analysis pipeline. BIOINFORMATICS[J]. 2012, 第 1 作者28(3): 416-418, http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btr655.