以重要常绿阔叶林成分及经济林木树种所在科——广义山茶科植物为研究对象，开展以下五个方面的研究：

(1) 整合分类学

整合形态学、分子生物学、生态学等多学科证据开展植物分类学研究，旨在澄清其分类学问题，同时发现潜在的经济植物种质资源。

(2) 系统发育基因组学与生物地理学

利用基于新一代高通量测序技术，获得叶绿体基因组、转录组、基因组重测序等数据，以期澄清关键林木类群的系统演化关系，结合古地质学、古气候学、古植物学证据阐明其多样化历程及地理分布格局成因。

(3) 分子物种界定与DNA条形码

利用大量的DNA测序数据，同时结合形态学、生态学等学科证据，阐明关键林木类群的物种界限，同时构建其核基因DNA条形码鉴定体系。

(4) 物种形成与网状进化

聚焦山茶属茶组等关键类群，开展物种形成与网状进化的研究，剖析其物种分化模式及形成机制，有助于深入理解该类群特别是茶等重要经济植物的演化历史。

(5) 进化与比较基因组学

通过解析重要经济林木树种的基因组，运用比较基因组学等的研究方法，挖掘重要林木类群关键性状（含代谢物）的分子遗传基础。

        目前已发表学术论文21篇，其中SCI收录18篇，累计被引用311次。主要研究成果介绍如下：

1）在国际上首次以东亚亚热带常绿阔叶林的特征性科（山茶科）为例探究了该生物群区的形成历史，该成果发表于植物学领域JCR一区（同时为中科院一区）Top 5%期刊New Phytologist (Yu et al., 2017)，并得到广泛的同行关注和引用；2）作为第一作者，开展了山茶科木荷属的超级条形码的研究，结果表明复杂的演化历史，如近期分化导致的遗传分化程度低、自然杂交或基因渐渗、不完全谱系分选等可能影响了木荷属DNA条形码有效性，呼吁基于新一代测序技术开发更多核基因条形码片段，该成果发表于植物学领域JCR一区（同时为中科院一区）Top 10%期刊Molecular Ecology Resources (Yu et al., 2022)；3）作为通讯作者论文系统地揭示了山茶科植物的古杂交和基因组加倍事件，研究结果表明山茶科存在属间及属内的网状进化事件，同时该科并未发生自身独有的基因组加倍事件，该成果发表于植物学领域JCR一区Top 15%期刊Annals of Botany上 (Zhang et al., 2022)，2022年度入选ESI (Essential Science Indicators) 数据库高被引论文；4）作为共同第一作者，以姜科为例探讨了热带雨林的演化历史，该成果发表于地学领域JCR一区期刊Journal of Biogeography (Zhao et al., 2022)。

        主持各类科研或人才类项目11项，包括国家自然科学基金2项，中科院院级基金2项，中国博士后科学基金1项，云南省省级项目3项，其它项目3项。2018年度入选中国科学院“西部之光”青年学者，2020年度入选中国科学院“青年创新促进会”会员，2022年度入选云南省“兴滇英才支持计划”青年人才专项。此外，2016年3月至2017年3月，受国家留学基金委公派留学基金资助，赴美国佛罗里达大学自然历史博物馆访问1年。目前正指导（含联合培养）博士研究生1名，硕士研究生2名，本科毕业设计1名，实习生1名。已完成指导大学生科创计划1名。

招生专业

071001-植物学
086000-生物与医药

招生方向

系统发育基因组学，进化与比较基因组学，生物地理学，群体遗传学，植物分类学

2021.02--现在：中国科学院昆明植物研究所, 副研究员
2016.03--2021.02：中国科学院昆明植物研究所, 助理研究员
2016.03--2017.03：美国佛罗里达大学，自然历史博物馆Soltis实验室, 访问学者
2013.08--2016.03：中国科学院昆明植物研究所, 植物学研究方向，博士后

2007.09--2013.07：中国科学院大学/中国科学院西双版纳热带植物园, 植物学专业，理学博士
2003.09--2007.07：九江学院, 生命科学学院，生物科学专业, 理学学士

1. 中国科学院昆明植物研究所西南野生生物种质资源库学术年会口头报告，三等奖，研究所（学校）, 2016
2. 国家公派出国留学项目, 国家级, 2016
3. 中国科学院大学三好学生, 研究所（学校）, 2013
4. 中国科学院大学地奥二等奖, 二等奖, 研究所（学校）, 2013
5.  九江学院2007届优秀毕业生, 研究所（学校）, 2007
6.  二等国家奖学金, 二等奖, 国家级, 2005

^#为共同第一作者，*为通讯作者：

1. Sheng-Yuan Qin, Zheng-Yu Zuo, Cen Guo, Xin-Yu Du, Shui-Yin Liu, Xiang-Qin Yu, Xiao-Guo Xiang, Jun Rong, Bing Liu, Zhi-Fang Liu, Peng-Fei Ma^*, De-Zhu Li^*, 2023. Phylogenomic insights into the origin and evolutionary history of evergreen broadleaved forests in East Asia under Cenozoic climate change. Molecular Ecology, DOI: 10.1111/mec.16904. (SCI, JCR Top 15%, IF=6.62)

2. 杨世雄^*, 余香琴, 2022. 评“茶树起源于第三纪宽叶木兰”的观点. 广西林业科学  51 (3): 298-306.

3. Xiang-Qin Yu^{#, *}, Yin-Zi Jiang^#, Ryan A. Folk, Jian-Li Zhao, Chao-Nan Fu, Liang Fang, Hua Peng, Jun-Bo Yang^*, Shi-Xiong Yang^*, 2022. Species discrimination in Schima (Theaceae): Next-generation super-barcodes meet evolutionary complexity. Molecular Ecology Resources, 22: 3161-3175. (SCI, JCR Top 10%, IF=8.67)
4. Jian-Li Zhao^#, Xiang-Qin Yu^#, W. John Kress, Ya-Li Wang, Yong-Mei Xia, Qing-Jun Li^*, 2022. Historical biogeography of the gingers and its implications for shifts in tropical rain forest habitats. Journal of Biogeography49:1339-1351. (SCI, JCR Top 20%, IF=4.32)
5. Hong-Hu Meng^#, Can-Yu Zhang^#, Yi-Gang Song, Xiang-Qin Yu, Guan-Long Cao, Lang Li, Chao-Nan Cai, Jian-Hua Xiao, Shi-Shun Zhou, Yun-Hong Tan, Jie Li^*, 2022. Opening a door to the spatiotemporal history of plants from the tropical Indochina Peninsula to subtropical China. Molecular Phylogenetics and Evolution 171: 107458. (SCI, JCR Top 30%, IF=4.28)
6. Qiong Zhang, Lei Zhao, Ryan A. Folk, Jian-Li Zhao, Nelson A. Zamora, Shi-Xiong Yang, Douglas E. Soltis, Pamela S. Soltis, Lian-Ming Gao, Hua Peng^*, Xiang-Qin Yu^*. 2022. Phylotranscriptomics of Theaceae: generic level relationships, reticulation and whole-genome duplication. Annals of Botany 129: 457-471. (SCI, JCR Top 15%, IF=4.35)
7. 杨世雄^*, 方伟, 余香琴，2021. 广西茶组植物新记录——光萼厚轴茶. 广西林业科学  50 (5): 493-495.
8. Jian-Li Zhao, B Ram Paudel, Xiang-Qin Yu, Jie Zhang, Qing-Jun Li^*, 2021. Speciation along the elevation gradient: divergence of Roscoea species within the south slope of the Himalayas. Molecular Phylogenetics and Evolution  164: 107292. (SCI, JCR Top 30%, IF=4.28)
9. Xiang-Qin Yu^#, En-De Liu^#, Zhen-Wen Liu, Bo Xiao, Jin-Lin Ma^*, Shi-Xiong Yang^*, 2021. Camellia luteocalpandria (Theaceae), a new species and the first discovery of sect. Calpandria in China. Phytotaxa 489(2): 223-228. (SCI, IF=1.05)
10. Xiang-Qin Yu, Qiong Zhang, Yin-Zi Jiang, Hua Peng, Jian-Li Zhao^*, Shi-Xiong Yang^*. 2020. The complete chloroplast genome sequence of Laplacea alpestris and its phylogenetic position. Mitochondrial DNA Part B-Resources 5 (3): 3807-3809. (SCI, IF=0.88)
11. Zhen-Wen Liu, Sheng-Feng Chai, Fang-Yuan Wu, Pin-Ming Ye, Chang-Jie Jiang, Zhi-Rong Zhang, Xiang-Qin Yu, Jin-Lin Ma, Shi-Xiong Yang^*, 2020. Camellia rostrata, a new species of yellow camellias from Southwest China. Phytotaxa 459: 61-68. (SCI, IF=1.05) 
12. Xing-Fu Zhu, Xiang-Qin Yu, Jian-Li Zhao^*, 2019. The complete chloroplast sequence of Roscoea humeana(Zingiberaceae): an alpine ginger in the Hengduan Mountains, China, Mitochondrial DNA Part B-Resources, 4:(1), 1398-1399. (SCI, IF=0.88)
13. Qiong Zhang, Jian Luo, Jin-Lin Ma, Xiao-Juan Wei, Hua Peng, Shi-Xiong Yang^*, Xiang-Qin Yu^*, 2019. The complete chloroplast genome sequence of Camellia mingii (Theaceae), a critically endangered yellow camellia species endemic to China. Mitochondrial DNA Part B-Resources 4 (1): 1338-1340. (SCI, IF=0.88)
14. Xiang-Qin Yu, Chun-Lei Xiang, Hua Peng^*, 2018. Taxonomy in the Kunming Institute of Botany (KIB): Progress during the past decade (2008–2018) and perspectives on future development. Plant Diversity, 40 (4): 147-157. (SCI, IF=1.86)
15. Xiang-Qin Yu, Dan Yang, Cen Guo, Lian-Ming Gao^*, 2018. Plant phylogenomics based on genome-partitioning strategies: Progress and prospects. Plant Diversity, 40 (4): 158-164. (SCI, IF=1.86)
16. Xiang-Qin Yu, Lian-Ming Gao, Douglas E. Soltis, Pamela S. Soltis, Jun-Bo Yang, Liang Fang, Shi-Xiong Yang^*, De-Zhu Li^*, 2017. Insights into the historical assembly of East Asian subtropical evergreen broadleaved forests revealed by the temporal history of the tea family. New Phytologist, 215 (3): 1235-1248. (SCI, JCR Top 5%, IF=7.33)
17. Xiang-Qin Yu, Bryan T. Drew, Jun-Bo Yang, Lian-Ming Gao^*, De-Zhu Li^*, 2017. Comparative chloroplast genomes of eleven Schima (Theaceae) species: insights into DNA barcoding and phylogeny. PLoS ONE, 12: e0178026. (SCI, JCR Top 30%, IF=2.80)
18. Xiang-Qin Yu, Masayuki Maki, Bryan T. Drew, Alan J. Paton, Hsi-Wen Li, Jian-Li Zhao, John G. Conran, Jie Li^*, 2014. Phylogeny and biogeography of Isodon (Lamiaceae): rapid radiation in south-west China and Miocene overland dispersal into Africa. Molecular Phylogenetics and Evolution 77: 183-194. (SCI, JCR Top 30%, IF=4.01)
19. Xiang-Qin Yu, Tian-Hua He, Jian-Li Zhao, Qiao-Ming Li^*, 2014. Invasion genetics of Chromolaena odorata(Asteraceae): extremely low diversity across Asia. Biological Invasions 16: 2351-2366. (SCI, JCR Top 30%, IF=2.71)
20. Xiang-Qin Yu, Qiao-Ming Li^*, 2011. Isolation and characterization of microsatellite markers for a worldwide invasive weed, Chromolaena odorata (Asteraceae). American Journal of Botany 98 (9): e259-261. (SCI, JCR Top 30%, IF=3.05)
21. 余香琴，冯玉龙，李巧明^*，2010. 外来入侵植物飞机草的研究进展与展望，植物生态学报 34 (5): 591–600.

1. 云南省应用基础研究面上项目，核基因条形码在云南省茶树及其品种分子鉴定中的应用，202201AT070621，10万，2023.01-2025.12，在研，主持

2. 云南省“兴滇英才支持计划”青年人才专项，25万，2023.01-2027.12，在研，主持
3. 广西林业科学研究院广西特色经济林培育与利用重点实验室开放课题，基于组学数据解析香花油茶的遗传背景，JB-22-01-01，8万，2022.06-2024.12，在研，主持
4. 中国科学院青年创新促进会会员，山茶科重要经济林木树种的进化基因组学研究，2021393，80万，2021.02-2025.02，在研，主持
5. 国家自然科学基金面上项目，基于基因组重测序的山茶属茶组物种界定及网状进化研究，32070369，69.6万，2021.01-2024.12，在研，主持
6. 广西林业科学研究院广西特色经济林培育与利用重点实验室开放课题，油茶及其野生近缘种的转录组比较分析，19-B-01-03，8万，2019.01-2021.12，已结题，主持
7. 中国科学院2018年度“西部之光”人才培养引进计划，“西部青年学者”项目B类，基于组学数据的山茶属茶组植物系统发育重建及物种划分，15万，2019.01-2021.12，已结题，主持
8. 云南大学省部共建云南生物资源保护与利用国家重点实验室2018年度开放课题，山茶属茶组植物系统发育及其分子鉴定体系，2018KF007，10万，2018.11-2020.10，已结题，主持
9. 国家自然科学基金青年科学基金，山茶科时空演化格局重建与东亚地区常绿阔叶林的形成，31700182，30万，2018.01-2020.12，已结题，主持
10. 云南省应用基础研究面上项目，国产木荷属的物种界定与系统发育研究，2014FB167，10万，2014.10-2017.09，已结题，主持
11. 中国博士后科学基金面上项目二等资助，2014M562352，5万，2014.07-2016.03，已结题，主持

1. 余香琴，东亚重要森林成分山茶科的系统与进化生物学研究，中国科学院昆明分院云岭高端讲坛，2022.7.18-7.19，昆明，云南，中国（口头报告）

2. 余香琴，山茶科的系统学研究进展，植物系统学家园微信群主题论坛第84期，2022.4.16，昆明，云南，中国（口头报告）
3. Qiong Zhang (张琼), Ryan A. Folk, Jian-Li Zhao (赵建立), Hua Peng (彭华), Shi-Xiong Yang (杨世雄), Xiang-Qin Yu* (余香琴). Transcriptome-based phylogeny of Theaceae, an economically and ecologically important family of Ericales. 全国系统与进化植物学研讨会暨第十四届青年学术研讨会, 2020.11.26-11.28, Jinghong, Yunnan, China (口头报告)
4. Xiang-Qin Yu, Lian-Ming Gao, Douglas E. Soltis, Pamela S. Soltis, Jun-Bo Yang, Liang Fang, Shi-Xiong Yang, De-Zhu Li. Insights into the historical construction of East Asian subtropical evergreen broadleaved forests revealed by the temporal history of Theaceae. The XIX International Botanical Congress, 2017.7.23-7.29, Shenzhen, China. (口头报告)
5. The annual Botany Conference, “Celebrating our history, Conserving our future”, 2016, Georgia, United States. 
6. 余香琴，李捷，中国植物学会八十周年年会，2013.10.13-10.16，南昌，中国. 唇形科香茶菜属植物系统发育及生物地理学研究（口头报告）

合作者                           工作单位

Pamela S. Soltis教授     University of Florida

Douglas E. Soltis教授   University of Florida

Ryan A. Folk博士          Mississippi State University

现指导学生

蒋银子  硕士研究生  071001-植物学  

张琼  博士研究生  071001-植物学  

姓名       联合培养单位  联合培养导师    学生所属类别   

段涵宁   西南林业大学  李璐 副研究员    2021级硕士研究生（学术型）